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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j8b | ||||||
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タイトル | Structure of YbaB from Haemophilus influenzae (HI0442), a protein of unknown function | ||||||
要素 | YbaB | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / HI0442 / hypothetical protein / Structure 2 Function Project / S2F | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae Rd (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Lim, K. / Tempcyzk, A. / Toedt, J. / Parsons, J.F. / Howard, A. / Eisenstein, E. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of YbaB from Haemophilus influenzae (HI0442), a protein of unknown function coexpressed with the recombinational DNA repair protein RecR 著者: Lim, K. / Tempcyzk, A. / Parsons, J.F. / Bonander, N. / Toedt, J. / Kelman, Z. / Howard, A. / Eisenstein, E. / Herzberg, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1j8b.cif.gz | 31.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1j8b.ent.gz | 24.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1j8b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/1j8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/1j8b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | To obtain a dimer, apply -X,Y,1/2-Z symmetry operator and 1,0,1 translation vector |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12734.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd (インフルエンザ菌) 生物種: Haemophilus influenzaeインフルエンザ菌 / 株: KW20 / 遺伝子: HI0442 / プラスミド: pET15b-HI0442 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P44711 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.29 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8 詳細: 1 M ammonium phosphate, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9789, 0.9790, 0.9500 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月1日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.75→99 Å / Num. all: 10936 / Num. obs: 10936 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 18 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.214 / Num. unique all: 810 / % possible all: 73.5 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 99 Å / Num. obs: 19416 / Num. measured all: 73832 / Rmerge(I) obs: 0.046 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 73.5 % / Rmerge(I) obs: 0.201 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→99 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.83 Å /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / Rfactor Rfree: 0.274 / Rfactor Rwork: 0.185 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.331 / Rfactor Rwork: 0.353 |