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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j20 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Thermus thermophilus HB8 Argininosuccinate Synthetase in complex with product | ||||||
要素 | Argininosuccinate SynthetaseArgininosuccinate synthase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / ATP-binding / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 argininosuccinate metabolic process / argininosuccinate synthase / argininosuccinate synthase activity / 尿素回路 / arginine biosynthetic process / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Goto, M. / Hirotsu, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Structures of argininosuccinate synthetase in enzyme-ATP-substrates and enzyme-AMP-product forms 著者: Goto, M. / Omi, R. / Miyahara, I. / Sugahara, M. / Hirotsu, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1j20.cif.gz | 329.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1j20.ent.gz | 267.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1j20.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/1j20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/1j20 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44875.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 遺伝子: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59846, argininosuccinate synthase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-AMP / #4: 化合物 | ChemComp-AS1 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.21 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: tris, ammonium sulfate, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 209661 / Num. obs: 209661 / % possible obs: 99.4 % |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 670809 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→10 Å / σ(F): 2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.244 / Rfactor Rwork: 0.2189 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.61 | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.3051 / Rfactor Rwork: 0.2811 |