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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j0o | ||||||
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タイトル | High Resolution Crystal Structure of the wild type Tetraheme Cytochrome c3 from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F | ||||||
要素 | Cytochrome c3 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / tetraheme cytochrome c3 / high resolution X-ray structure / wild type (野生型) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.15 Å | ||||||
データ登録者 | Ozawa, K. / Yasukawa, F. / Kumagai, J. / Ohmura, T. / Cusanvich, M.A. / Tomimoto, Y. / Ogata, H. / Higuchi, Y. / Akutsu, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2003 タイトル: Role of the aromatic ring of Tyr43 in tetraheme cytochrome c(3) from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F. 著者: Ozawa, K. / Takayama, Y. / Yasukawa, F. / Ohmura, T. / Cusanovich, M.A. / Tomimoto, Y. / Ogata, H. / Higuchi, Y. / Akutsu, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1j0o.cif.gz | 80.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1j0o.ent.gz | 61.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1j0o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/1j0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/1j0o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11558.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) プラスミド: pKFC3K / 発現宿主: Shewanella oneidensis (バクテリア) / 株 (発現宿主): TSP-C / 参照: UniProt: P00132 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-EOH / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: small tubes / pH: 7.4 / 詳細: ethanol, pH 7.4, SMALL TUBES, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 10 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.71 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月13日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.71 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.153→26.299 Å / Num. all: 40949 / Num. obs: 40815 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.143 / % possible all: 56.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.15 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.15→10 Å / Num. parameters: 12081 / Num. restraintsaints: 13969 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.04 Å / Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 958 / Occupancy sum non hydrogen: 1280 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.1077 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |