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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ii7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of P. furiosus Mre11 with manganese and dAMP | |||||||||
要素 | Mre11 nuclease | |||||||||
キーワード | REPLICATION (DNA複製) / Rad50 (RAD50) / Mre11 / DNA double-strand break repair / dAMP / manganese (マンガン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA exonuclease activity / DNA end binding / Y-form DNA binding / DNA double-strand break processing / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Hopfner, K.-P. / Karcher, A. / Craig, L. / Woo, T.T. / Carney, J.P. / Tainer, J.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001 タイトル: Structural biochemistry and interaction architecture of the DNA double-strand break repair Mre11 nuclease and Rad50-ATPase. 著者: Hopfner, K.P. / Karcher, A. / Craig, L. / Woo, T.T. / Carney, J.P. / Tainer, J.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ii7.cif.gz | 154.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ii7.ent.gz | 120.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ii7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/1ii7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/1ii7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38928.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U1N9 |
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-非ポリマー , 5種, 273分子
#2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-D5M / | #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 100 mM Ches, 400 mM ammonium sulfate, 35% OEG 6K, 1 mM manganese, 10 mM dAMP, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.984 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.984 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 431781 / Num. obs: 431781 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / % possible all: 86.1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 48885 / Num. measured all: 431781 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1830015.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh&Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.71 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 44.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.375 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.336 |