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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i9e | ||||||
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タイトル | TCR DOMAIN | ||||||
要素 | CYTOTOXIC TCELL VALPHA DOMAIN | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Ig-like domain / T Cell receptor (T細胞受容体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Rudolph, M.G. / Huang, M. / Teyton, L. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of an isolated V(alpha) domain of the 2C T-cell receptor. 著者: Rudolph, M.G. / Huang, M. / Teyton, L. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i9e.cif.gz | 37.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i9e.ent.gz | 25.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i9e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/1i9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/1i9e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1tcrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12774.330 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN OF ALPHA CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): SC2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: P01738 |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.17 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: di-sodium tartrate, NaCl, imidazole/HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 85 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.783 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.783 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→37.5 Å / Num. obs: 6370 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 306 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 6260 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 306 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Valpha domain of 2C TCR (PDB entry 1tcr) residues 1-115 解像度: 2.5→37.5 Å / SU B: 12.635 / SU ML: 0.288 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: HYDROGENS ADDED IN THE RIDING POSITIONS DURING REFINEMENT AND HAVE NOT BEEN OUTPUT AS COORDINATES.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.866 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.3 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 97.465 Å / Origin y: 68.107 Å / Origin z: 31.935 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.8 % / Rfactor all: 0.20632 / Rfactor obs: 0.203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.57 Å / Rfactor Rfree: 0.339 / Rfactor obs: 0.242 |