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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i9b | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN (ACHBP) | ||||||
要素 | ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | LIGAND BINDING PROTEIN / pentamer / igg fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / synaptic cleft / response to nicotine / postsynapse / neuron projection / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Brejc, K. / van Dijk, W.J. / Klaassen, R. / Schuurmans, M. / van der Oost, J. / Smit, A.B. / Sixma, T.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of an ACh-binding protein reveals the ligand-binding domain of nicotinic receptors. 著者: Brejc, K. / van Dijk, W.J. / Klaassen, R.V. / Schuurmans, M. / van Der Oost, J. / Smit, A.B. / Sixma, T.K. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2001 タイトル: A glia-derived acetylcholine-binding protein that modulates synaptic transmission 著者: Smit, A.B. / Syed, N.I. / Schaap, D. / van Minnen, J. / Klumperman, J. / Kits, K.S. / Lodder, H. / van der Schors, R.C. / van Elk, R. / Sorgedrager, B. / Brejc, K. / Sixma, T.K. / Geraerts, W.P.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE SEQUENCE FOR THE PROTEIN IS NOT YET DEPOSITED IN THE SEQUENCE DATABASE. THE EXPRESSED ...SEQUENCE THE SEQUENCE FOR THE PROTEIN IS NOT YET DEPOSITED IN THE SEQUENCE DATABASE. THE EXPRESSED PROTEIN HAS A MUATAION AT RESIDUE 1: L1F. RESIDUES -6 TO 0 (EAEAYVE) ARE CLONING ARTIFACTS. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i9b.cif.gz | 206.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i9b.ent.gz | 176.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i9b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1i9b_validation.pdf.gz | 414.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1i9b_full_validation.pdf.gz | 447.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1i9b_validation.xml.gz | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1i9b_validation.cif.gz | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/1i9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/1i9b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24688.342 Da / 分子数: 5 / 変異: L1F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / プラスミド: PPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS 115 / 参照: UniProt: P58154 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-EPE / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 4000, CALCIUM CHLORIDE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X11 / 波長: 0.943 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.943 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→44 Å / Num. all: 34483 / Num. obs: 34483 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 57.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 27.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.5 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high rms absF: 2515375.59 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.86 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.6 % / Rfactor obs: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 61.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.434 / % reflection Rfree: 4.5 % / Rfactor Rwork: 0.4 |