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万見
- PDB-1i6k: 1.7 HIGH RESOLUTION EXPERIMENTAL PHASES FOR TRYPTOPHANYL-TRNA SYN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i6k
タイトル1.7 HIGH RESOLUTION EXPERIMENTAL PHASES FOR TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TRYPTOPHANYL-5'AMP
要素TRYPTOPHANYL- ...
キーワードLIGASE (リガーゼ) / CLASS I TRNA SYNTHETASE / AARS / INDUCED FIT (酵素反応) / TRPRS
機能・相同性
機能・相同性情報


トリプトファンtRNAリガーゼ / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / トリプトファンtRNAリガーゼ / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold ...Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / トリプトファンtRNAリガーゼ / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アンモニウム / TRYPTOPHANYL-5'AMP / Tryptophan--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
手法X線回折 / シンクロトロン / MULTIPLE ANOMALOUS Dispersion / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Retailleau, P. / Carter, C.W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: High-resolution experimental phases for tryptophanyl-tRNA synthetase (TrpRS) complexed with tryptophanyl-5'AMP.
著者: Retailleau, P. / Yin, Y. / Hu, M. / Roach, J. / Bricogne, G. / Vonrhein, C. / Roversi, P. / Blanc, E. / Sweet, R.M. / Carter, C.W.
履歴
登録2001年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,28714
ポリマ－37,6951
非ポリマー1,59213
水6,612367
1
A: TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE
ヘテロ分子

A: TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,57428
ポリマ－75,3892
非ポリマー3,18526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area11000 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area25130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.770, 59.770, 232.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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TRYPTOPHANYL- ... , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE / TRPRS


分子量: 37694.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
参照: UniProt: P00953, トリプトファンtRNAリガーゼ

-
非ポリマー , 5種, 380分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#4: 化合物 ChemComp-TYM / TRYPTOPHANYL-5'AMP


分子量: 533.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24N7O8P
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 310 K / 手法: microdialysis / pH: 7.6
詳細: POTASSIUM PHOSPHATE, AMMONIUM SULFATE, MAGNESIUM CHLORIDE, PEG 400, pH 7.60, MICRODIALYSIS, temperature 310K
結晶化
*PLUS
pH: 7.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12 mMtryptophan11
210 mMATP11
310 mMmagnesium11
42.0 Mpotassium phosphate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.978, 0.979, 0.985
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月1日
放射プロトコル: MULTIPLE WAVELENGTHS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9781
20.9791
30.9851
反射解像度: 1.72→25 Å / Num. obs: 546675 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 6.1
反射
*PLUS
Num. obs: 46732 / 冗長度: 2.43 % / Num. measured all: 546675 / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.9 % / Rmerge(I) obs: 0.354

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
BUSTER-TNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MULTIPLE ANOMALOUS Dispersion / 解像度: 1.72→19.94 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 4451 10 %
Rwork0.233 --
all-45151 -
obs-45151 97 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2590 0 97 367 3054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01927720.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.36437331.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d15.76316040
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.011862
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0154275
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.504266320
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0627910
ソフトウェア
*PLUS
名称: BUSTER/TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 32467 / σ(I): 3 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.233 / Rfactor obs: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.418
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg15.850
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0112
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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