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- PDB-1i3j: CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA-BINDING DOMAIN OF INTRON ENDONUCLEAS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i3j
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA-BINDING DOMAIN OF INTRON ENDONUCLEASE I-TEVI WITH ITS SUBSTRATE
要素
  • 5'-D(*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*GP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*T)-3'
  • INTRON-ASSOCIATED ENDONUCLEASE 1
キーワードHYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / EXTENDED STRUCTURE / ZN-FINGER (ジンクフィンガー) / MINOR GROOVE HELIX / HELIX-TURN-HELIX (ヘリックスターンヘリックス) / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA endonuclease activity / nucleic acid metabolic process / intron homing / DNA-binding transcription repressor activity / transcription repressor complex / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
NUMOD3 motif / Nuclease associated modular domain 3 / Intron endonuclease, group I / : / Intron-encoded endonuclease 1, DNA-binding domain / Intron-encoded nuclease repeat 2 / GIY-YIG type nucleases (URI domain) / GIY-YIG endonuclease / GIY-YIG catalytic domain / GIY-YIG domain profile. / GIY-YIG endonuclease superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Intron-associated endonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Van Roey, P. / Waddling, C.A. / Fox, K.M. / Belfort, M. / Derbyshire, V.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Intertwined structure of the DNA-binding domain of intron endonuclease I-TevI with its substrate.
著者: Van Roey, P. / Waddling, C.A. / Fox, K.M. / Belfort, M. / Derbyshire, V.
履歴
登録2001年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*T)-3'
C: 5'-D(*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*GP*A)-3'
A: INTRON-ASSOCIATED ENDONUCLEASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1914
ポリマ－26,1263
非ポリマー651
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.140, 65.210, 43.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*T)-3'


分子量: 6410.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*GP*A)-3'


分子量: 6473.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 INTRON-ASSOCIATED ENDONUCLEASE 1 / I-TEVI


分子量: 13242.219 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / プラスミド: PET-3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P13299, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.28 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350, MES, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2MES11
3glycerolグリセリン11
結晶化
*PLUS
温度: 10 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14 mg/mlprotein1drop
218 %PEG33501reservoir
315 %1reservoir
40.06 MMES1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X12C11.2
シンクロトロンNSLS X12C21.55
検出器
タイプID検出器日付
BRANDEIS - B11CCD1999年9月20日
BRANDEIS - B12CCD1999年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.21
21.551
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 88623 / Num. obs: 17561 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.02 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1519 -random
Rwork0.215 ---
all-17561 --
obs-15495 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数782 855 1 185 1823
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.46
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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