+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i1i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NEUROLYSIN (ENDOPEPTIDASE 24.16) CRYSTAL STRUCTURE | ||||||
要素 | NEUROLYSIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE / neuropeptidase / zinc metallopeptidase / endopeptidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neurolysin / regulation of skeletal muscle fiber differentiation / Peptide ligand-binding receptors / oligopeptidase activity / peptide metabolic process / regulation of gluconeogenesis / peptide catabolic process / peptide binding / protein catabolic process / mitochondrial intermembrane space ...neurolysin / regulation of skeletal muscle fiber differentiation / Peptide ligand-binding receptors / oligopeptidase activity / peptide metabolic process / regulation of gluconeogenesis / peptide catabolic process / peptide binding / protein catabolic process / mitochondrial intermembrane space / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Brown, C.K. / Madauss, K. / Lian, W. / Tolbert, W.D. / Beck, M.R. / Rodgers, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 タイトル: Structure of neurolysin reveals a deep channel that limits substrate access. 著者: Brown, C.K. / Madauss, K. / Lian, W. / Beck, M.R. / Tolbert, W.D. / Rodgers, D.W. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and Preliminary Analysis of Neurolysin 著者: Lian, W. / Chen, G. / Wu, D. / Brown, C.K. / Madauss, K. / Hersh, L.B. / Rodgers, D.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i1i.cif.gz | 146 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1i1i.ent.gz | 113.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i1i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1i1i_validation.pdf.gz | 431.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1i1i_full_validation.pdf.gz | 445.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1i1i_validation.xml.gz | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1i1i_validation.cif.gz | 37.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/1i1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/1i1i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77874.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PBADC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: P42676, neurolysin | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, cacodylate, magnesium chloride, zinc chloride, 2-mercaptoethanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 0.2 mM / 化学式: MeHgCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 36511 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 23.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / % possible all: 95.5 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.5 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|