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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i1e | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM BOTULINUM NEUROTOXIN B COMPLEXED WITH DOXORUBICIN | ||||||
要素 | BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / botulinum (ボツリヌストキシン) / neurotoxin (神経毒) / metalloprotease (金属プロテアーゼ) / complex / doxorubicin (ドキソルビシン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / ボツリヌストキシン / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / ボツリヌストキシン / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / タンパク質分解 / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Eswaramoorthy, S. / Kumaran, D. / Swaminathan, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Crystallographic evidence for doxorubicin binding to the receptor-binding site in Clostridium botulinum neurotoxin B. 著者: Eswaramoorthy, S. / Kumaran, D. / Swaminathan, S. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000 タイトル: Structural Analysis of the Catalytic and Binding Sites of Clostridium botulinum Neurotoxin B 著者: Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Clostridium botulinum Neurotoxin Type B 著者: Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i1e.cif.gz | 281.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i1e.ent.gz | 221.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i1e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/1i1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/1i1e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1epwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 150833.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) / 参照: UniProt: P10844, ボツリヌストキシン |
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#2: 化合物 | ChemComp-DM2 / |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 4000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法詳細: Swaminathan, S., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 1024. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 197506 / Num. obs: 55881 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / % possible all: 95.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 52722 / Num. measured all: 197506 / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.2 % / Rmerge(I) obs: 0.319 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1epw 解像度: 2.5→50 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.217 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |