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- PDB-1hxr: CRYSTAL STRUCTURE OF MSS4 AT 1.65 ANGSTROMS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hxr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MSS4 AT 1.65 ANGSTROMS
要素GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR MSS4
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / nucleotide exchange factor / Rab GTPase / membrane trafficking / Zn binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


post-Golgi vesicle-mediated transport / small GTPase-mediated signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein transport / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Mss4 / Mss4 protein / MSS4 domain profile. / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Mss4/translationally controlled tumour-associated TCTP / Mss4-like superfamily / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide exchange factor MSS4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / SIR/Molecular Replacement / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Zhu, Z. / Dumas, J.J. / Lietzke, S.E. / Lambright, D.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: A helical turn motif in Mss4 is a critical determinant of Rab binding and nucleotide release.
著者: Zhu, Z. / Dumas, J.J. / Lietzke, S.E. / Lambright, D.G.
履歴
登録2001年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR MSS4
B: GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR MSS4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1304
ポリマ－26,0002
非ポリマー1312
水3,369187
1
A: GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR MSS4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0652
ポリマ－13,0001
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR MSS4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0652
ポリマ－13,0001
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.890, 49.870, 50.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR MSS4


分子量: 12999.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08326
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 14% PEG 6000, 50 mM Tris, 50 mM Mg(OAc)2, 10% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
114 %PEG60001reservoir
250 mMTris-HCl1reservoir
350 mM1reservoirMgOAc2
410 %glycerol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月8日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 24609 / Num. obs: 24609 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.65→7 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1993 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 97.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.2 % / Rmerge(I) obs: 0.282

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: SIR/Molecular Replacement
開始モデル: PDB entry 1FWQ

1fwq


解像度: 1.65→7 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1132 -Random
Rwork0.214 ---
all-22635 --
obs-22635 96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1676 0 2 187 1865
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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