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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hkc | ||||||
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タイトル | RECOMBINANT HUMAN HEXOKINASE TYPE I COMPLEXED WITH GLUCOSE AND PHOSPHATE | ||||||
要素 | D-GLUCOSE 6-PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE / GLYCOLYSIS (解糖系) / ALLOSTERIC ENZYME / GLUCOSE (グルコース) / PHOSPHATE (リン酸塩) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective HK1 causes hexokinase deficiency (HK deficiency) / glucosamine kinase activity / hexokinase activity / maintenance of protein location in mitochondrion / positive regulation of cytokine production involved in immune response / mannokinase activity / establishment of protein localization to mitochondrion / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation ...Defective HK1 causes hexokinase deficiency (HK deficiency) / glucosamine kinase activity / hexokinase activity / maintenance of protein location in mitochondrion / positive regulation of cytokine production involved in immune response / mannokinase activity / establishment of protein localization to mitochondrion / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / mannose metabolic process / peptidoglycan binding / D-glucose binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / 解糖系 / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of interleukin-1 beta production / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrial outer membrane / 炎症 / 脂質ラフト / 自然免疫系 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Aleshin, A.E. / Honzatko, R.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Regulation of hexokinase I: crystal structure of recombinant human brain hexokinase complexed with glucose and phosphate. 著者: Aleshin, A.E. / Zeng, C. / Bartunik, H.D. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: The Mechanism of Regulation of Hexokinase: New Insights from the Crystal Structure of Recombinant Human Brain Hexokinase Complexed with Glucose and Glucose-6-Phosphate 著者: Aleshin, A.E. / Zeng, C. / Bourenkov, G.P. / Bartunik, H.D. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. #2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Human Brain Hexokinase 著者: Aleshin, A.E. / Zeng, C. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hkc.cif.gz | 190.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hkc.ent.gz | 150.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hkc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/1hkc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/1hkc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 102624.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASM SURFACE OF MITOCHONDRIA / 器官: BRAIN脳 / プラスミド: PET-11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19367, ヘキソキナーゼ | ||||||
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#2: 糖 | ChemComp-BGC / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | IN THIS STRUCTURE THE N-TERMINAL, REGULATORY DOMAIN IS IN THE CLOSED CONFORMATION AND CONTAINS ...IN THIS STRUCTURE THE N-TERMINAL, REGULATORY | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: HEXOKINASE WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP METHOD AT ROOM TEMPERATURE BY MIXING 20 MG/ ML OF PROTEIN IN 25 MM POTASSIUM PHOSPHATE WITH A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 5% PEG 8000 AND 0.1 M ...詳細: HEXOKINASE WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP METHOD AT ROOM TEMPERATURE BY MIXING 20 MG/ ML OF PROTEIN IN 25 MM POTASSIUM PHOSPHATE WITH A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 5% PEG 8000 AND 0.1 M NA CACODYLATE, PH 6.5. PROTEIN SAMPLES CONTAINED A TRACE AMOUNT OF GLUCOSE LEFT AFTER PURIFICATION. | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→99 Å / Num. obs: 42845 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 51.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 95.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 251876 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HKB 解像度: 2.8→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.25 |