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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h4s | |||||||||
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タイトル | Prolyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus complexed with tRNApro(CGG) and a prolyl-adenylate analogue | |||||||||
要素 |
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キーワード | AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE (アミノアシルtRNA合成酵素) / ATP + L-PROLINE + TRNA(PRO) AMP + PPI + L-PROLYL-TRNA(PRO) / CLASS II AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 プロリンtRNAリガーゼ / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Yaremchuk, A. / Tukalo, M. / Cusack, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: A Succession of Substrate Induced Conformational Changes Ensures the Amino Acid Specificity of Thermus Thermophilus Prolyl-tRNA Synthetase: Comparison with Histidyl-tRNA Synthetase 著者: Yaremchuk, A. / Tukalo, M. / Grotli, M. / Cusack, S. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000 タイトル: Crystal Structure of a Eukaryote/Archaeon-Like Prolyl-tRNA Synthetase and its Complex with tRNA (Pro)(Cgg) 著者: Yaremchuk, A. / Cusack, S. / Tukalo, M. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallisation and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Thermus Thermophilus Prolyl-tRNA Synthetase 著者: Yaremchuk, A. / Cusack, S. / Tukalo, M. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Improved Crystals of Thermus Thermophilus Prolyl-tRNA Synthetase Complexed with Cognate tRNA Obtained by Crystallisation from Precipitate 著者: Yaremchuk, A. / Krikliviy, I. / Cusack, S. / Tukalo, M. #4: ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: TRNA(Pro) Recognition by Thermus Thermophilus Prolyl-tRNA Synthetase 著者: Cusack, S. / Yaremchuk, A. / Krikliviy, I. / Tukalo, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h4s.cif.gz | 245.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h4s.ent.gz | 190.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h4s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/1h4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/1h4s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.336459, 0.000265, -0.941698), ベクター: 詳細 | HOMODIMERIC PROLYL-TRNA SYNTHETASE AND THE RNA CHAIN | |
-要素
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 3分子 ABT
#1: タンパク質 | 分子量: 54562.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFICATION OF PROTEIN DESCRIBED IN REFERENCE 2 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB-8 / 参照: UniProt: Q5SM28*PLUS, プロリンtRNAリガーゼ #2: RNA鎖 | | 分子量: 24927.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFICATION OF TRNAPRO DESCRIBED IN REFERENCE 3 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB-8 |
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-非ポリマー , 4種, 40分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % |
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結晶化 | pH: 7.9 / 詳細: SEE REFERENCE 3, pH 7.90 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.99 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→20 Å / Num. obs: 221758 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.084 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 55013 / Num. measured all: 221758 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HC7 (LIGAND FREE PROLYL-TRNA SYNTHETASE) 解像度: 2.85→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |