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万見
- PDB-1h4q: Prolyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus complexed with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h4q
タイトルProlyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus complexed with tRNApro(CGG), ATP and prolinol
要素
  • PROLYL-TRNA SYNTHETASE
  • TRNAPRO(CGG)
キーワードAMINOACYL-TRNA SYNTHETASE (アミノアシルtRNA合成酵素) / ATP + L-PROLINE + TRNA(PRO) AMP + PPI + L-PROLYL-TRNA(PRO) / CLASS II AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE
機能・相同性
機能・相同性情報


プロリンtRNAリガーゼ / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
C-terminal domain of ProRS / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain ...C-terminal domain of ProRS / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PYRROLIDINE-2-CARBALDEHYDE / リボ核酸 / RNA (> 10) / Proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yaremchuk, A. / Tukalo, M. / Cusack, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: A Succession of Substrate Induced Conformational Changes Ensures the Amino Acid Specificity of Thermus Thermophilus Prolyl-tRNA Synthetase: Comparison with Histidyl-tRNA Synthetase
著者: Yaremchuk, A. / Tukalo, M. / Grotli, M. / Cusack, S.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of a Eukaryote/Archaeon-Like Prolyl-tRNA Synthetase and its Complex with tRNA (Pro)(Cgg)
著者: Yaremchuk, A. / Cusack, S. / Tukalo, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallisation and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Thermus Thermophilus Prolyl-tRNA Synthetase
著者: Yaremchuk, A. / Cusack, S. / Tukalo, M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Improved Crystals of Thermus Thermophilus Prolyl-tRNA Synthetase Complexed with Cognate tRNA Obtained by Crystallisation from Precipitate
著者: Yaremchuk, A. / Krikliviy, I. / Cusack, S. / Tukalo, M.
#4: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: TRNA(Pro) Recognition by Thermus Thermophilus Prolyl-tRNA Synthetase
著者: Cusack, S. / Yaremchuk, A. / Krikliviy, I. / Tukalo, M.
履歴
登録2001年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROLYL-TRNA SYNTHETASE
B: PROLYL-TRNA SYNTHETASE
T: TRNAPRO(CGG)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,58911
ポリマ－134,0543
非ポリマー1,5368
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)141.290, 141.290, 237.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.322256, -0.002968, -0.946648), (-0.007627, -0.999954, 0.005731), (-0.946622, 0.009067, 0.322219)
ベクター: 101.4571, 217.9021, 71.44)
詳細HOMODIMERIC PROLYL-TRNA SYNTHETASE AND THE RNA CHAIN

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 3分子 ABT

#1: タンパク質 PROLYL-TRNA SYNTHETASE


分子量: 54562.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFICATION OF PROTEIN DESCRIBED IN REFERENCE 2
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス)
株: HB-8 / 参照: UniProt: Q5SM28*PLUS, プロリンtRNAリガーゼ
#2: RNA鎖 TRNAPRO(CGG)


分子量: 24927.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFICATION OF TRNAPRO DESCRIBED IN REFERENCE 3
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス)
株: HB-8

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非ポリマー , 5種, 32分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-PRI / PYRROLIDINE-2-CARBALDEHYDE / PROLINOL / (2S)-ピロリジン-2α-カルボアルデヒド / プロリノール


分子量: 99.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化pH: 7.9 / 詳細: SEE REFERENCE 3, pH 7.90

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.99
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 48648 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 184299
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.4精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HC7 (LIGAND FREE PROLYL-TRNA SYNTHETASE)

1hc7


解像度: 3→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: TETRAHEDRAL CO-ORDINATION OF ZINC ATOMS TO FOUR CYSTEINES WAS RESTRAINED. SIDECHAIN ATOMS WITH OCCUPANCY ZERO HAVE POOR OR NISSING ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2452 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 48593 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.421 Å20 Å20 Å2
2--0.421 Å20 Å2
3----0.843 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7479 1436 88 24 9027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.392
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.823
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4DNA_RNA_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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