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- PDB-1h49: CRYSTAL STRUCTURE OF THE INACTIVE DOUBLE MUTANT OF THE MAIZE BETA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h49
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE INACTIVE DOUBLE MUTANT OF THE MAIZE BETA-GLUCOSIDASE ZMGLU1-E191D-F198V IN COMPLEX WITH DIMBOA-GLUCOSIDE
要素BETA-GLUCOSIDASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDE HYDROLASE (グリコシダーゼ) / BETA-GLUCOSIDASE / FAMILY 1 / RETENTION OF THE ANOMERIC CONFIGURATION / INACTIVE MUTANT E191D
機能・相同性
機能・相同性情報


fucosidase activity / xylanase activity / galactosidase activity / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / DIMBOA glucoside beta-D-glucosidase activity / cytokinin-activated signaling pathway / mannosidase activity / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase ...fucosidase activity / xylanase activity / galactosidase activity / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / DIMBOA glucoside beta-D-glucosidase activity / cytokinin-activated signaling pathway / mannosidase activity / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / 葉緑体 / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルコース / Chem-HBO / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種ZEA MAYS (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Czjzek, M. / Moriniere, J. / Verdoucq, L. / Bevan, D.R. / Henrissat, B. / Esen, A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Mutational and Structural Analysis of Aglycone Specificity in Maize and Sorghum Beta-Glucosidases
著者: Verdoucq, L. / Czjzek, M. / Moriniere, J. / Bevan, D.R. / Esen, A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: The Mechanism of Substrate (Aglycone) Specificity in Beta-Glucosidases is Revealed by Crystal Structures of Mutant Maize Beta-Glucosidase -Dimboa, -Dimboaglc, and -Dhurrin Complexes
著者: Czjzek, M. / Cicek, M. / Zamboni, V. / Bevan, D.R. / Henrissat, B. / Esen, A.
履歴
登録2003年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCOSIDASE
B: BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6036
ポリマ－116,8212
非ポリマー7834
水8,845491
1
A: BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8023
ポリマ－58,4101
非ポリマー3912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8023
ポリマ－58,4101
非ポリマー3912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.145, 114.088, 80.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 29
2116B1 - 29
1212A30 - 36
2212B30 - 36
1315A37 - 50
2315B37 - 50
1412A50 - 60
2412B50 - 60
1515A60 - 184
2515B60 - 184
1612A184 - 200
2612B184 - 200
1715A201 - 225
2715B201 - 225
1812A226 - 238
2812B226 - 238
1915A239 - 253
2915B239 - 253
11012A254 - 265
21012B254 - 265
11115A266 - 272
21115B266 - 272
11212A273 - 291
21212B273 - 291
11315A292 - 327
21315B292 - 327
11412A328 - 342
21412B328 - 342
11515A343 - 401
21515B343 - 401
11612A402 - 410
21612B402 - 410
11715A411 - 449
21715B411 - 449
11812A450 - 476
21812B450 - 476
11915A477 - 490
21915B477 - 490
12016A490 - 501
22016B490 - 501

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.97409, -0.17051, 0.14857), (-0.17723, 0.16748, -0.96981), (0.14048, -0.97102, -0.19337)
ベクター: 24.74996, 141.19318, 165.7684)

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要素

#1: タンパク質 BETA-GLUCOSIDASE / / CHLOROPLAST PRECURSOR / GENTIOBIASE / CELLOBIASE / BETA-D-GLUCOSIDE GLUCOHYDROLASE / GLU1


分子量: 58410.383 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA-GLUCOSIDASE, RESIDUES 55-566 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IN COMPLEX WITH THE LIGAND DIMBOA-GLUCOSIDE / 由来: (組換発現) ZEA MAYS (トウモロコシ) / 株: CV. MUTIN / 組織: COLEOPTILE / Cell: PLYS S CELLS / プラスミド: PET-21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P49235, beta-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-HBO / 2,4-DIHYDROXY-7-(METHYLOXY)-2H-1,4-BENZOXAZIN-3(4H)-ONE / (2R)-7-メトキシ-2,4-ジヒドロキシ-2H-1,4-ベンゾオキサジン-3(4H)-オン


分子量: 211.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9NO5
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATIONS GLU 245 ASP AND PHE 252 VAL, CHAINS A,B

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5 22 % PEG 4000, 5 % ISOPROPANOL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93
検出器日付: 2002年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 67417 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 52

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E4L

1e4l


解像度: 1.9→79.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.361 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3519 5 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.185 67417 86.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.82 Å20 Å2-2.7 Å2
2---2.11 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→79.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7926 0 52 491 8469
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0218224
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.027006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.431.94811174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.974316378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0215978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021762
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.22078
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2450.28554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.24255
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2110.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6041.54880
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09127862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70133344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6914.53312
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1986tight positional0.130.05
5062medium positional0.240.5
509loose positional0.345
1986tight thermal0.130.5
5062medium thermal0.512
509loose thermal1.110
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.281 317
Rwork0.256 6120
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8160.86050.27771.20340.5950.46960.1738-0.0336-0.13330.2707-0.0553-0.22710.09490.0403-0.11840.1472-0.0281-0.02180.1444-0.00630.132117.895114.24479.935
20.53180.19580.31430.92250.52830.6502-0.00470.1002-0.0149-0.0980.0499-0.0874-0.10240.0527-0.04530.04710.00070.0650.1503-0.02930.0958-0.60379.99941.709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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