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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h3v | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN IGG1 FC-FRAGMENT,GLYCOFORM (G2F)2,SG P212121 | |||||||||
要素 | IG GAMMA-1 CHAIN C REGION | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNOGLOBULIN/FC-FRAGMENT / FC-FRAGMENT / GLYCOSYLATION (グリコシル化) / FCGR / ANTIBODY (抗体) / EFFECTOR FUNCTIONS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / IgG immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding ...補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / IgG immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / antigen binding / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 獲得免疫系 / blood microparticle / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Krapp, S. / Mimura, Y. / Jefferis, R. / Huber, R. / Sondermann, P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Structural Analysis of Human Igg-Fc Glycoforms Reveals a Correlation between Glycosylation and Structural Integrity 著者: Krapp, S. / Mimura, Y. / Jefferis, R. / Huber, R. / Sondermann, P. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h3v.cif.gz | 107.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h3v.ent.gz | 80.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h3v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/1h3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/1h3v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25126.541 Da / 分子数: 2 / 断片: CH2, CH3, RESIDUES 225-447 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01857*PLUS #2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #3: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE PRIMARY SEQUENCE FOR THIS ENTRY IS VERY SIMILAR TO SWISSPROT ENTRY P01857 (GC1_HUMAN) WITH 96% ...THE PRIMARY SEQUENCE FOR THIS ENTRY IS VERY SIMILAR TO SWISSPROT ENTRY P01857 (GC1_HUMAN) WITH 96% SEQUENCE IDENTITY. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: DIALYSIS AGAINST WATER, pH 6.50 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月15日 / 詳細: OS-MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 8183 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 |
反射 シェル | Rmerge(I) obs: 0.38 / % possible all: 81.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.131 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81.8 % / Rmerge(I) obs: 0.384 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1FC1 解像度: 3.1→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |