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- PDB-1h38: Structure of a T7 RNA polymerase elongation complex at 2.9A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h38
タイトルStructure of a T7 RNA polymerase elongation complex at 2.9A resolution
要素
  • 5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*CP *AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*CP)-3'
  • 5'-R(*AP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP *AP*U)-3'
  • DNA-DIRECTED RNA POLYMERASEポリメラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / RNA POLYMERASE (RNAポリメラーゼ) / T7 RNA POLYMERASE / ELONGATION COMPLEX / PROTEIN/DNA/RNA / RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE / RSGI / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / DNA-templated viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
T7 RNA polymerase; domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain / Helix Hairpins - #260 / Helix Hairpins - #280 / DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal ...T7 RNA polymerase; domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain / Helix Hairpins - #260 / Helix Hairpins - #280 / DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / RNAポリメラーゼ / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / Alpha-Beta Plaits - #370 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Helix Hairpins / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / T7 RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種BACTERIOPHAGE T7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tahirov, T.H. / Temyakov, D. / Anikin, M. / Patlan, V. / McAllister, W.T. / Vassylyev, D.G. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Structure of a T7 RNA Polymerase Elongation Complex at 2.9 A Resolution
著者: Tahirov, T.H. / Temiakov, D. / Anikin, M. / Patlan, V. / Mcallister, W.T. / Vassylyev, D.G. / Yokoyama, S.
履歴
登録2002年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
E: 5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*CP *AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
F: 5'-R(*AP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP *AP*U)-3'
G: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*CP)-3'
H: 5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*CP *AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
I: 5'-R(*AP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP *AP*U)-3'
J: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*CP)-3'
K: 5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*CP *AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
L: 5'-R(*AP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP *AP*U)-3'
M: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*CP)-3'
N: 5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*CP *AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
O: 5'-R(*AP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP *AP*U)-3'
P: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,43316
ポリマ－445,43316
非ポリマー00
水20,9331162
1
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
E: 5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*CP *AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
F: 5'-R(*AP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP *AP*U)-3'
G: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3584
ポリマ－111,3584
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
H: 5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*CP *AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
I: 5'-R(*AP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP *AP*U)-3'
J: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3584
ポリマ－111,3584
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
K: 5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*CP *AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
L: 5'-R(*AP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP *AP*U)-3'
M: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3584
ポリマ－111,3584
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
N: 5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*CP *AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
O: 5'-R(*AP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP *AP*U)-3'
P: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3584
ポリマ－111,3584
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.907, 84.971, 202.003
Angle α, β, γ (deg.)90.36, 92.97, 109.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細EACH TETRAMER IS FORMED BY ONE MOLECULE OF PROTEININ COMPLEX WITH 2 MOLECULES OF DNA AND ONE MOLECULEOF RNA.

-
要素

#1: タンパク質
DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / ポリメラーゼ


分子量: 98984.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE T7 (ファージ) / プラスミド: PAR1219 / 細胞株 (発現宿主): DCAT4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00573, ポリメラーゼ
#2: DNA鎖
5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*CP *AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'


分子量: 5526.581 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACTERIOPHAGE T7 (ファージ)
#3: RNA鎖
5'-R(*AP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP *AP*U)-3'


分子量: 3851.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACTERIOPHAGE T7 (ファージ)
#4: DNA鎖
5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*CP)-3'


分子量: 2995.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACTERIOPHAGE T7 (ファージ)
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
解説: N-TERMINAL 266 RESIDUES AND ALL PROTRUDING SEGMENTS OF THE C-TERMINAL DOMAIN WERE REMOVED FROM THE SEARCH MODEL
結晶化pH: 8.1
詳細: 10% PEG 8000, 8% GLYCEROL, 5MM BETA-MERCAPTOETHANOL,100 MM TRIS BUFFER, PH8.1, pH 8.10
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 %PEG80001reservoir
310 %glycerol1reservoir
45 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
5100 mMTris1reservoirpH8.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1.02
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 143689 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 73.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 108303 / % possible obs: 98.1 % / Num. measured all: 348602 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3.08 Å / % possible obs: 94.5 % / Rmerge(I) obs: 0.335

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QLN

1qln


解像度: 2.9→39.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3218106.53 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE REMOVED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 5487 5.1 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.236 108303 98 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.0293 Å2 / ksol: 0.334118 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 71.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.55 Å29.46 Å26.73 Å2
2--6.2 Å23.56 Å2
3----2.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26984 2802 0 1162 30948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.642.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 879 5 %
Rwork0.299 16822 -
obs--96 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 4 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.09
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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