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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h2t | ||||||
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タイトル | Structure of the human nuclear cap-binding-complex (CBC) in complex with a cap analogue m7GpppG | ||||||
要素 |
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キーワード | NUCLEAR PROTEIN / M7GCAP / CAP-BINDING-COMPLEX / RNP DOMAIN / MIF4G DOMAIN / RNA MATURATION / RNA EXPORT / RNA-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 snRNA export from nucleus / nuclear cap binding complex / mRNA metabolic process / RNA cap binding complex / histone mRNA metabolic process / positive regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of RNA export from nucleus / cap-dependent translational initiation / Processing of Intronless Pre-mRNAs / snRNA binding ...snRNA export from nucleus / nuclear cap binding complex / mRNA metabolic process / RNA cap binding complex / histone mRNA metabolic process / positive regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of RNA export from nucleus / cap-dependent translational initiation / Processing of Intronless Pre-mRNAs / snRNA binding / positive regulation of RNA binding / RNA cap binding / alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of mRNA processing / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / primary miRNA processing / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / mRNA 3'-end processing / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA cis splicing, via spliceosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / RNA catabolic process / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / regulation of translational initiation / RNA Polymerase II Transcription Termination / FGFR2 alternative splicing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Signaling by FGFR2 IIIa TM / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / 7-methylguanosine mRNA capping / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / mRNA export from nucleus / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA transcription by RNA polymerase II / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / mRNA splicing, via spliceosome / snRNP Assembly / positive regulation of cell growth / defense response to virus / molecular adaptor activity / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Mazza, C. / Segref, A. / Mattaj, I.W. / Cusack, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2002 タイトル: Large-Scale Induced Fit Recognition of an M(7)Gpppg CAP Analogue by the Human Nuclear CAP-Binding Complex 著者: Mazza, C. / Segref, A. / Mattaj, I.W. / Cusack, S. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Co-Crystallization of the Human Nuclear CAP-Binding Complex with a M7Gpppg CAP Analogue Using Protein Engineering 著者: Mazza, C. / Segref, A. / Mattaj, I. / Cusack, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h2t.cif.gz | 196 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h2t.ent.gz | 151.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h2t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/1h2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/1h2t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE COMPLEX IS A HETERODIMER FORMED BY CHAINS CAND Z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 83835.242 Da / 分子数: 1 / 断片: MIF4G DOMAIN, RESIDUES 20-653,701-790 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: DELETION OF THE FIRST 19 RESIDUES IN N-TERMINAL AND DELETION OF RESIDUES 653-701 REPLACED BY A GLYCINE, ENGINEERED MUTATION ALA 479 SER 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q09161 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18028.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PRSETA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P52298 |
#3: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#4: 化合物 | ChemComp-7MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE CAP-BINDING PROTEIN (CBC) COMPLEX IS AN HETERODIMER OF CBP80 AND CBP20. CHAIN C ENGINEERED ...THE CAP-BINDING PROTEIN (CBC) COMPLEX IS AN HETERODIME |
配列の詳細 | DELETION OF THE FIRST 19 RESIDUES IN N-TERMINAL AND DELETION OF RESIDUES 653-701 REPLACED BY A ...DELETION OF THE FIRST 19 RESIDUES IN N-TERMINAL AND DELETION OF RESIDUES 653-701 REPLACED BY A GLYCINE FOR CHAIN C |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: 0.25 TO 1 % PEG 4000, 100 MM MES PH6, 75 TO 100 MM MAGNESIUM FORMATE, pH 6.00 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Mazza, C., (2002) Acta Crystallogr.,Sect.D, 58, 2194. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9393 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 63766 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 60513 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1H6K 解像度: 2.1→19.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2842357.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: RESIDUES 20 - 28 AND 528 - 537 FROM CHAIN C ARE DISORDERED. RESIDUES 1 - 5 AND 151 - 156 FROM CHAIN Z ARE DISORDERED.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.6133 Å2 / ksol: 0.361995 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 60513 / Num. reflection Rfree: 3204 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.266 / Rfactor Rwork: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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