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- PDB-1gyx: The Crystal Structure of YdcE, a 4-Oxalocrotonate Tautomerase Hom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gyx
タイトルThe Crystal Structure of YdcE, a 4-Oxalocrotonate Tautomerase Homologue from Escherichia coli, Confirms the Structural Basis for Oligomer Diversity
要素HYPOTHETICAL PROTEIN YDCE仮説
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / TAUTOMERASE / HYPOTHETICAL PROTEIN / COMPLETE PROTEO
機能・相同性
機能・相同性情報


intramolecular oxidoreductase activity, interconverting keto- and enol-groups / 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換 / : / protein homodimerization activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tautomerase PptA / 4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
安息香酸 / Tautomerase PptA
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Almrud, J. / Kern, A. / Wang, S. / Czerwinski, R. / Johnson, W. / Murzin, A. / Hackert, M. / Whitman, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: The Crystal Structure of Ydce, a 4-Oxalocrotonate Tautomerase Homologue from Escherichia Coli, Confirms the Structural Basis for Oligomer Diversity
著者: Almrud, J. / Kern, A. / Wang, S. / Czerwinski, R. / Johnson, W. / Murzin, A. / Hackert, M. / Whitman, C.
履歴
登録2002年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年2月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _citation.page_last / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._citation.page_last / _entity_src_gen.gene_src_strain / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN YDCE
B: HYPOTHETICAL PROTEIN YDCE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4624
ポリマ－17,1012
非ポリマー3602
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)44.566, 46.525, 75.724
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.41546, 0.909571, 0.008543), (0.909512, 0.415535, -0.010869), (-0.013436, 0.003255, -0.999904)
ベクター: 15.042, -9.666, 19.965)

-
要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN YDCE / 仮説 / YDCE / B1461


分子量: 8550.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INACTIVATED BY HEPES AND BENZOIC ACID / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PET24A+ / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P31992, フェニルピルビン酸タウトメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸 / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PROTEIN: 25MG/ML IN 50MM HEPES, PH 7.3, 4 CELCIUS SITTING DROP: MIX 15UL PROTEIN WITH 5UL 40% SODIUM CITRATE PH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
240 %(w/v)sodium citrate1reservoirpH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→25 Å / Num. obs: 35377 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 33
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 156715
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 33 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.35→25 Å / SU B: 0.104 / SU ML: 0.412 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.052
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.164 979 2.7 %RANDOM
Rwork0.142 ---
obs-35377 87.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 8.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1192 0 24 304 1520
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.35 Å / 最低解像度: 1.39 Å / Rfactor Rfree: 0.255 / Num. reflection Rfree: 36 / Rfactor Rwork: 0.226 / Num. reflection Rwork: 1343 / Total num. of bins used: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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