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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gu2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of oxidized cytochrome c'' from Methylophilus methylotrophus | ||||||
要素 | CYTOCHROME C'' | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE(CYTOCHROME) / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | METHYLOPHILUS METHYLOTROPHUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.19 Å | ||||||
データ登録者 | Enguita, F.J. / Pohl, E. / Rodrigues, A. / Santos, H. / Carrondo, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structural Evidence for a Proton Transfer Pathway Coupled with Haem Reduction of Cytochrome C" from Methylophilus Methylotrophus. 著者: Enguita, F.J. / Pohl, E. / Turner, D.L. / Santos, H. / Carrondo, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gu2.cif.gz | 123.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gu2.ent.gz | 102 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gu2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/1gu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/1gu2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13699.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) METHYLOPHILUS METHYLOTROPHUS (バクテリア) 株: W3A1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RQB9 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.43 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.00 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8492 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8492 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.19→25 Å / Num. obs: 109062 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 1.19→1.26 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.19→50 Å / Num. parameters: 21379 / Num. restraintsaints: 25807 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 1887 / Occupancy sum non hydrogen: 2354 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.19→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 109062 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.167 / Rfactor Rwork: 0.1304 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.19 Å / 最低解像度: 1.26 Å / Rfactor Rfree: 0.243 / Rfactor Rwork: 0.2021 |