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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gqw | ||||||
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タイトル | Taurine/alpha-ketoglutarate Dioxygenase from Escherichia coli | ||||||
要素 | ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / TAURINE (タウリン) / SULPHUR METABOLISM / OXYGENASE (酸素添加酵素) / ALPHA-KETOGLUTARATE (Α-ケトグルタル酸) / TAUD / TFDA / DIOXYGENASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 taurine catabolic process / taurine dioxygenase complex / タウリンジオキシゲナーゼ / taurine dioxygenase activity / sulfur compound metabolic process / L-ascorbic acid binding / ferrous iron binding / protein homotetramerization / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Elkins, J.M. / Ryle, M.J. / Clifton, I.J. / Dunning-Hotopp, J.C. / Lloyd, J.S. / Burzlaff, N.I. / Baldwin, J.E. / Hausinger, R.P. / Roach, P.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: X-Ray Crystal Structure of Escherichia Coli Taurine/Alpha-Ketoglutarate Dioxygenase Complexed to Ferrous Iron and Substrates 著者: Elkins, J.M. / Ryle, M.J. / Clifton, I.J. / Dunning Hotopp, J. / Lloyd, J.S. / Burzlaff, N.I. / Baldwin, J.E. / Hausinger, R.P. / Roach, P.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gqw.cif.gz | 110.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gqw.ent.gz | 88.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gqw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/1gqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/1gqw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.85901, 0.51171, -0.01591), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32453.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P37610, タウリンジオキシゲナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | 構成要素の詳細 | CONVERTS ALPHA KETOGLUTAR | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 20-28% PEG1000, 20% ETHYLENE GLYCOL, 75MM IMIDAZOLE PH7.5, PROTEIN SOLUTION LOADED WITH FE(II), ALPHA-KETOGLUTARATE, TAURINE, DITHIOTHREITOL, pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月15日 / 詳細: OSMIC |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→40.49 Å / Num. obs: 16990 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 60.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 16727 / Num. measured all: 98529 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.27 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3→40.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2733619.8 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: RESIDUES WITH DISORDERED SIDE-CHAINS WERE MODELED AS ALANINE
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.318286 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→40.44 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Rms dev position: 0.03 Å / Weight position: 300 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.354 |