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万見
- PDB-1gk8: Rubisco from Chlamydomonas reinhardtii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gk8
タイトルRubisco from Chlamydomonas reinhardtii
要素
  • RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
  • RIBULOSE-1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
キーワードLYASE (リアーゼ) / RUBISCO (リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) / PHOTOSYNTHESIS (光合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


光呼吸 / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / 葉緑体 / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1 / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
類似検索 - 構成要素
生物種CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Taylor, T.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: First Crystal Structure of Rubisco from a Green Alga, Chlamydomonas Reinhardtii.
著者: Taylor, T.C. / Backlund, A. / Bjorhall, K. / Spreitzer, R.J. / Andersson, I.
履歴
登録2001年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBULOSE-1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
C: RIBULOSE-1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
E: RIBULOSE-1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
G: RIBULOSE-1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
I: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
K: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
M: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
O: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,49349
ポリマ－275,9238
非ポリマー3,57041
水46,0462556
1
A: RIBULOSE-1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
C: RIBULOSE-1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
E: RIBULOSE-1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
G: RIBULOSE-1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
I: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
K: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
M: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
O: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
ヘテロ分子

A: RIBULOSE-1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
C: RIBULOSE-1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
E: RIBULOSE-1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
G: RIBULOSE-1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
I: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
K: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
M: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
O: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)558,98598
ポリマ－551,84516
非ポリマー7,14082
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)171.375, 142.638, 124.717
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-2282-

HOH

21E-2311-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGIKMO

#1: タンパク質
RIBULOSE-1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN / RUBISCO LARGE SUBUNIT


分子量: 52696.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
参照: UniProt: P00877, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ
#2: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1 / RUBISCO SMALL SUBUNIT 1


分子量: 16283.806 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
参照: UniProt: P00873, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ

-
糖 , 1種, 4分子

#4: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2

-
非ポリマー , 3種, 2593分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細RESIDUE 46 IN THE LARGE SUBUNITS (CHAIN A C E G) WAS FOUND TO BE PRO AFTER INSPECTION OF THE ...RESIDUE 46 IN THE LARGE SUBUNITS (CHAIN A C E G) WAS FOUND TO BE PRO AFTER INSPECTION OF THE ELECTRON DENSITY MAPS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.5
詳細: 50 MM HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4000, 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG/ML PROTEIN
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-15 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1reservoir
38-12 %PEG40001reservoir
450 mM1reservoirNaHCO3
55 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器日付: 2000年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→100 Å / Num. obs: 469880 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 94
反射
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 30387 / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 469880
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / % possible obs: 94 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 8RUC

8ruc


解像度: 1.4→20 Å / SU B: 9.7 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.05
詳細: CONTRIBUTION FOR RIDING HYDROGENS ADDED DURING LAST CYCLE. THE SMALL SUBUNIT C TERMINUS IS DISORDERED BEYOND RESIDUE 126. THE LARGE SUBUNIT N-TERMINI ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.162 23546 5 %RANDOM
Rwork0.149 ---
obs0.149 467822 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18687 0 220 2556 21463
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 13.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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