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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gk0 | ||||||
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タイトル | Structure-based prediction of modifications in glutarylamidase to allow single-step enzymatic production of 7-aminocephalosporanic acid from cephalosporin C | ||||||
要素 | (CEPHALOSPORIN ACYLASE) x 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / CEPHALOSPORIN ACYLASE / GLUTARYL ACYLASE / CEPHALOSPORIN C (セファロスポリンC) / CATALYTIC TRIAD (触媒三残基) / NTN-HYDROLASE / X-RAZ STRUCTURE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase / glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process / ペリプラズム / response to antibiotic / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS SP. (シュードモナス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Fritz-Wolf, K. / Koller, K.P. / Lange, G. / Liesum, A. / Sauber, K. / Schreuder, H. / Aretz, W. / Kabsch, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002 タイトル: Structure-Based Prediction of Modifications in Glutarylamidase to Allow Single-Step Enzymatic Production of 7-Aminocephalosporanic Acid from Cephalosporin C. 著者: Fritz-Wolf, K. / Koller, K. / Lange, G. / Liesum, A. / Sauber, K. / Schreuder, H. / Aretz, W. / Kabsch, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gk0.cif.gz | 279.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gk0.ent.gz | 236.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gk0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/1gk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/1gk0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16988.514 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES A8-A160 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS SP. (シュードモナス属) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: O86089, UniProt: P07662*PLUS, ペニシリンアミダーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 58855.785 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES B1-B522 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS SP. (シュードモナス属) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: O86089, UniProt: P07662*PLUS, ペニシリンアミダーゼ #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CATALYTICLLY ACTIVE CEPHALOSPORIN ACYLASE IS FORMED BY A TWO-STEP AUTOCATALYTIC PROCESS FROM THE ...CATALYTICL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: CRYSTALS GROWN AT 18 C, HANGING DROP PRECIPITATION AGENT: 1.5-2.0 M POTASSIUM PHOSPHATE PH:7.0 -9.0, pH 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8854,0.9776,0.9779 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 118686 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.05 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 1.63 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / % possible all: 79.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 8082389.02 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.36922 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.256 |