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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gcg | ||||||
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タイトル | THE 1.9 ANGSTROMS X-RAY STRUCTURE OF A CLOSED UNLIGANDED FORM OF THE PERIPLASMIC GLUCOSE(SLASH)GALACTOSE RECEPTOR FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM | ||||||
要素 | GALACTOSE/GLUCOSE-BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | GALACTOSE-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbohydrate transport / 走化性 / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Flocco, M.M. / Mowbray, S.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: The 1.9 A x-ray structure of a closed unliganded form of the periplasmic glucose/galactose receptor from Salmonella typhimurium. 著者: Flocco, M.M. / Mowbray, S.L. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: The 1.7 Angstroms Refined X-Ray Structure of the Periplasmic Glucose(Slash)Galactose Receptor from Salmonella Typhimurium 著者: Zou, J.-Y. / Flocco, M.M. / Mowbray, S.L. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Ribose and Glucose-Galactose Receptors Competitors in Bacterial Chemotaxis 著者: Mowbray, S.L. #3: ジャーナル: Receptor / 年: 1990 タイトル: Structure of the Periplasmic Glucose(Slash)Galactose Receptor of Salmonella Typhimurium 著者: Mowbray, S.L. / Smith, R.D. / Cole, L.B. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981 タイトル: Preliminary X-Ray Data for the Galactose Binding Protein from Salmonella Typhimurium 著者: Alber, T. / Fahnestock, M. / Mowbray, S.L. / Petsko, G.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gcg.cif.gz | 91.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gcg.ent.gz | 70.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gcg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/1gcg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/1gcg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33460.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: P23905 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SEE REFERENCE 3. SWISS- ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: used as seeds | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.88 Å / 最低解像度: 58.6 Å / Num. all: 21036 / % possible obs: 59612 % / Observed criterion σ(I): 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→7.5 Å / σ(F): 1 詳細: RESIDUE ASP 212, WHOSE OD1 ATOM IS IN CLOSE CONTACT WITH THR 253 OG1, IS A BURIED ASPARTATE AND THIS FACT HAS BEEN DISCUSSED IN REFERENCE 1.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→7.5 Å
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拘束条件 |
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