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- PDB-1g4d: NMR STRUCTURE OF THE MU BACTERIOPHAGE REPRESSOR DNA-BINDING DOMAI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g4d
タイトルNMR STRUCTURE OF THE MU BACTERIOPHAGE REPRESSOR DNA-BINDING DOMAIN/DNA COMPLEX
要素
  • 5'-D(P*CP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*G)-3'
  • 5'-D(P*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*G)-3'
  • REPRESSOR PROTEIN Cリプレッサー
キーワードViral protein/DNA (ウイルス性) / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / helix-turn-helix (ヘリックスターンヘリックス) / winged-helix / bacteriophage Mu / repressor (リプレッサー) / virus/viral protein / Viral protein-DNA COMPLEX (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


ウイルス潜伏 / latency-replication decision / transcription repressor complex / host cell cytoplasm / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Mu-type HTH domain / Mu DNA-binding domain / Mu-type HTH domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Repressor protein c
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage Mu (ファージ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wojciak, J.M. / Iwahara, J. / Clubb, R.T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: The Mu repressor-DNA complex contains an immobilized 'wing' within the minor groove.
著者: Wojciak, J.M. / Iwahara, J. / Clubb, R.T.
履歴
登録2000年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(P*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*G)-3'
C: 5'-D(P*CP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*G)-3'
A: REPRESSOR PROTEIN C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3383
ポリマ－17,3383
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / -structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(P*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*G)-3'


分子量: 4839.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(P*CP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*G)-3'


分子量: 4955.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 REPRESSOR PROTEIN C / リプレッサー / MU BACTERIOPHAGE C REPRESSOR PROTEIN


分子量: 7543.704 Da / 分子数: 1 / Fragment: N-TERMINAL DNA-BINDING DOMAIN (RESIDUES 13-81) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage Mu (ファージ)
属: Mu-like viruses / 遺伝子: MU C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06019

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM complex: U-15N protein, unlabeled DNA; 25mM PO490% H2O/10% D2O
21mM complex: U-15N,13C protein, unlabeled DNA; 25mM PO490% H2O/10% D2O
31mM complex: U-15N,13C protein, unlabeled DNA; 25mM PO4100% D2O
41mM complex: unlabeled protein, U-15N,13C DNA; 25mM PO490% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.2 1 atm305 K
26.2 1 atm305 K
36.2 1 atm305 K
46.2 1 amt305 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称分類
X-PLOR構造決定
X-PLOR精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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