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- PDB-1fvi: CRYSTAL STRUCTURE OF CHLORELLA VIRUS DNA LIGASE-ADENYLATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fvi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CHLORELLA VIRUS DNA LIGASE-ADENYLATE
要素CHLORELLA VIRUS DNA LIGASE-ADENYLATE
キーワードLIGASE (リガーゼ) / adenylated DNA ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligation involved in DNA repair / DNA ligase (ATP) activity / DNA recombination / DNA複製 / DNA修復 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase, OB-like domain / DNA ligase OB-like domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / DNA ligase/mRNA capping enzyme / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Nucleic acid-binding proteins ...DNA ligase, OB-like domain / DNA ligase OB-like domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / DNA ligase/mRNA capping enzyme / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / DNAリガーゼ / DNAリガーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorella virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Odell, M. / Sriskanda, V. / Shuman, S. / Nikolov, D.B.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of eukaryotic DNA ligase-adenylate illuminates the mechanism of nick sensing and strand joining.
著者: Odell, M. / Sriskanda, V. / Shuman, S. / Nikolov, D.B.
履歴
登録2000年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHLORELLA VIRUS DNA LIGASE-ADENYLATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5673
ポリマ－34,1241
非ポリマー4432
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.17, 58.44, 101.79
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CHLORELLA VIRUS DNA LIGASE-ADENYLATE


分子量: 34124.195 Da / 分子数: 1 / 変異: D29A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorella virus (ウイルス) / 属: Chlorovirus / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O41026, UniProt: A7RCB1*PLUS, 合成酵素; リン酸エステル結合を形成
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.39 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMTris-HCl1drop
25 mMdithiothreitol1drop
318 mg/mlprotein1drop
4100 mM1dropNaCl
550 mMTris-HCl1reservoir
65 mMdithiothreitol1reservoir
7100 mM1reservoirNaCl
81.8-2.0 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.045

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2→6 Å / σ(F): 1.5 / σ(I): 1.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.27 1125 random
Rwork0.19 --
all-18470 -
obs-18130 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2123 0 27 280 2430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.548
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 1.5 / Rfactor obs: 0.185 / Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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