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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fvf | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF NEURONAL SEC1 FROM THE SQUID L. PEALEI | ||||||
要素 | SEC1 | ||||||
キーワード | ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / PARALLEL BETA-SHEETS / LEFT-HAND TURN CONNECTION / HELICAL BUNDLE (ヘリックスバンドル) / DIMER / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vesicle docking involved in exocytosis / neurotransmitter secretion / syntaxin-1 binding / 分泌 / intracellular protein transport / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Loligo pealei (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Bracher, A. / Weissenhorn, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal structures of neuronal squid Sec1 implicate inter-domain hinge movement in the release of t-SNAREs. 著者: Bracher, A. / Weissenhorn, W. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Squid Neuronal Sec1 著者: Bracher, A. / Dresbach, T. / Betz, H. / Weissenhorn, W. #2: ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: The X-ray Crystal Structure of Neuronal Sec1 from Squid Sheds New Light on the Role of this Protein in Exocytosis 著者: Bracher, A. / Perrakis, A. / Dresbach, T. / Betz, H. / Weissenhorn, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fvf.cif.gz | 223.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fvf.ent.gz | 180.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fvf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/1fvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/1fvf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | The dimer in the asymmetric unit represents the biological assembly. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67830.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo pealei (無脊椎動物) / Cell: GIANT AXON / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O62547 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG-1000, ammonium sulfate, sodium citrate, DTT, calcium chloride, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Bracher, A., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 501. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.784 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.784 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→12 Å / Num. all: 25919 / Num. obs: 24825 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 82.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2449 / % possible all: 95.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EPU 解像度: 3.2→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood function
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.3616 Å2 / ksol: 0.318054 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→12 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 12 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 67.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.407 / % reflection Rfree: 5.8 % / Rfactor Rwork: 0.37 / Rfactor obs: 0.37 |