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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fnd | |||||||||
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タイトル | REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF SPINACH FERREDOXIN REDUCTASE AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION: OXIDIZED, REDUCED, AND 2'-PHOSPHO-5'-AMP BOUND STATES | |||||||||
要素 | FERREDOXIN-NADP+ REDUCTASEフェレドキシン-NADP+レダクターゼ | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (NADP+(A) / FERREDOXIN(A)) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast thylakoid membrane protein complex / フェレドキシン-NADP+レダクターゼ / ferredoxin-NADP+ reductase activity / NADPH dehydrogenase activity / 葉緑体 / 光合成 / 電子伝達系 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Bruns, C.M. / Karplus, P.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Refined crystal structure of spinach ferredoxin reductase at 1.7 A resolution: oxidized, reduced and 2'-phospho-5'-AMP bound states. 著者: Bruns, C.M. / Karplus, P.A. #1: ジャーナル: Science / 年: 1991 タイトル: Atomic Structure of Ferredoxin-Nadp+ Reductase: Prototype for a Structurally Novel Flavoenzyme Family 著者: Karplus, P.A. / Daniels, M.J. / Herriott, J.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fnd.cif.gz | 79.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fnd.ent.gz | 58.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fnd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/1fnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/1fnd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 150 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35381.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) 参照: UniProt: P00455, フェレドキシン-NADP+レダクターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#4: 化合物 | ChemComp-A2P / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 詳細: PH 4.6 | ||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 4.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 37112 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.6 % / Num. measured all: 95754 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / バージョン: 5A / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 1.7 Å / σ(I): 3 詳細: DURING REFINEMENT, THE MAXIMUM TEMPERATURE FACTOR ALLOWED WAS 100.00.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28 Å2 |