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- PDB-1fmz: CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT WINGED BEAN CHYMOTRYPSIN INHIBITOR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fmz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT WINGED BEAN CHYMOTRYPSIN INHIBITOR PROTEIN, N14K.
要素CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 3
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Beta Trefoil
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin inhibitor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Psophocarpus tetragonolobus (シカクマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Dattagupta, J.K. / Chakrabarti, C. / Ravichandran, S. / Dasgupta, J. / Ghosh, S.
引用
ジャーナル: PROTEIN ENG. / 年: 2001
タイトル: The role of Asn14 in the stability and conformation of the reactive-site loop of winged bean chymotrypsin inhibitor: crystal structures of two point mutants Asn14-->Lys and Asn14-->Asp.
著者: Ravichandran, S. / Dasgupta, J. / Chakrabarti, C. / Ghosh, S. / Singh, M. / Dattagupta, J.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallography of a Kunitz-type Serine Protease Inhibitor: The 90K Structure of Winged bean Chymotrypsin Inhibitor (WCI) at 2.13A resolution.
著者: Ravichandran, S. / Sen, U. / Chakrabarti, C. / Dattagupta, J.K.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1999
タイトル: Refined crystal structure (2.3A) of a double-headed Winged bean alpha-Chymotrypsin Inhibitor and location of its second reactive site
著者: Dattagupta, J.K. / Podder, A. / Chakrabarti, C. / Sen, U. / Mukhopadhyay, D. / Dutta, S.K. / Singh, M.
#3: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1997
タイトル: cDNA cloning, expression and rapid purification of Kunitz-type Winged bean Chymotrypsin Inhibitor
著者: Ghosh, S. / Singh, M.
履歴
登録2000年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1706
ポリマ－20,6891
非ポリマー4805
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 3
ヘテロ分子

A: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,33912
ポリマ－41,3792
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
Buried area2950 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA, PQS
3
A: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 3
ヘテロ分子

A: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,33912
ポリマ－41,3792
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_435x-y-1,-y-2,-z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.86, 60.86, 208.43
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-900-

SO4

21A-400-

HOH

31A-401-

HOH

詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 3 / WCI-3


分子量: 20689.408 Da / 分子数: 1 / 変異: N14K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Psophocarpus tetragonolobus (シカクマメ)
器官: SEED種子 / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10822
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: Ammonium sulfate, Sodium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
詳細: Dattagupta, J.K., (1999) Proteins: Struct., Funct., Genet., 35, 321.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18.6 mg/mlprotein1drop
271.4 mMTris-HCl1drop
3286 mM1dropNaCl
41.4 %ammonium sulfate1drop
52.9 mMsodium acetate1drop
625 %ammonium sulfate1reservoir
760 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→15 Å / Num. all: 147330 / Num. obs: 13051 / % possible obs: 88.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / % possible all: 88.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 147330
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2.05→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used Maximum likelihood target function
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1334 -Random
Rwork0.193 ---
all0.21 147330 --
obs0.21 13051 86.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1401 0 25 179 1605
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / Rfactor all: 0.21 / Rfactor obs: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.1
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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