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- PDB-1fdn: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE 2[4FE-4S] FERREDOXIN FROM CLOSTR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fdn
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE 2[4FE-4S] FERREDOXIN FROM CLOSTRIDIUM ACIDURICI AT 1.84 ANGSTROMS RESOLUTION
要素FERREDOXINフェレドキシン
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系)
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
7Fe ferredoxin / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
鉄・硫黄クラスター / 4Fe-4S ferredoxin FdxA
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acidurici (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Duee, E. / Fanchon, E. / Vicat, J. / Sieker, L.C. / Meyer, J. / Moulis, J-M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Refined crystal structure of the 2[4Fe-4S] ferredoxin from Clostridium acidurici at 1.84 A resolution.
著者: Duee, E.D. / Fanchon, E. / Vicat, J. / Sieker, L.C. / Meyer, J. / Moulis, J.M.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1993
タイトル: Sequences of Clostridial Ferredoxins
著者: Meyer, J. / Moulis, J.-M. / Scherrer, N. / Gagnon, J. / Ulrich, J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Crystal Structure of Clostridium Acidi-Urici Ferredoxin at 5 Angstroms Resolution Based on Measurements of Anomalous X-Ray Scattering at Multiple Wavelengths
著者: Krishnamurthy, H.M. / Hendrickson, W.A. / Orme-Johnson, W.H. / Merritt, E.A. / Phizackerley, R.P.
履歴
登録1994年3月31日処理サイト: BNL
改定 1.01994年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2433
ポリマ－5,5401
非ポリマー7032
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.440, 34.440, 74.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Atom site foot note1: TWO ALTERNATE POSITIONS FOR THE SIDE CHAIN OF ASN 21 HAVE BEEN OBSERVED AND GIVEN OCCUPANCIES OF 0.5.
2: THE EXACT POSITIONS OF ASP 27 AND ASP 28 ARE UNDEFINED FROM THE X-RAY DATA. THESE RESIDUES HAVE BEEN BUILT WITH A GOOD GEOMETRY FOR THE MAIN CHAIN AND REASONABLE CHI ANGLES FOR THE SIDE CHAINS.

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN / フェレドキシン


分子量: 5540.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acidurici (バクテリア)
参照: UniProt: P00198
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.49 %
結晶化
*PLUS
温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
155-60 %satammonium sulfate1reservoir
2100 mMTrisMaleate1reservoir
310 mg/mlprotein1drop
455-60 %satammonium sulfate1drop
5100 mMTrisMaleate1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 4203 / % possible obs: 92 % / Num. measured all: 15645 / Rmerge F obs: 0.062

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.84→18 Å / σ(F): 2
詳細: THE EXACT POSITIONS OF ASP 27 AND ASP 28 ARE UNDEFINED FROM THE X-RAY DATA. THESE RESIDUES HAVE BEEN BUILT WITH A GOOD GEOMETRY FOR THE MAIN CHAIN AND REASONABLE CHI ANGLES FOR THE SIDE CHAINS.
Rfactor反射数
Rwork0.169 -
obs0.169 3772
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数383 0 16 46 445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.58
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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