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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4iyf | ||||||
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タイトル | Insulin glargine crystal structure 2 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / IRS activation / Insulin processing / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Barba de la Rosa, A.P. / Lara-Gonzalez, S. / Montero-Moran, G.M. / Escobedo-Moratilla, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Physicochemical and structural analysis of a biosimilar insulin glargine formulation and its reference 著者: Barba de la Rosa, A.P. / Lara-Gonzalez, S. / Montero-Moran, G.M. / Escobedo-Moratilla, A. / Perez-Urizar, J.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 28.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 19.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2326.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3332.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.83 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris, 30% PEG-400 v/v, 0.2 M sodium citrate dihydrate, pH 8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.78→31.56 Å / Num. obs: 7494 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.98 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 12 / Scaling rejects: 226 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB entry 1trz 解像度: 1.8→20.659 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.79 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.18 Å2 / Biso mean: 39.1511 Å2 / Biso min: 21.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20.659 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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