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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eyx | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF R-PHYCOERYTHRIN AT 2.2 ANGSTROMS | ||||||
要素 | (R-PHYCOERYTHRIN) x 3 | ||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / R-PHYCOERYTHRIN / MACROSEEDING / TWIN (双生児) / PROTEIN STRUCTURE (タンパク質構造) / SEQUENCES / PHYCOBILIPROTEIN / RED ALGAE (紅藻) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Gracilaria chilensis (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Contreras-Martel, C. / Legrand, P. / Piras, C. / Vernede, X. / Martinez-Oyanedel, J. / Bunster, M. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Crystallization and 2.2 A resolution structure of R-phycoerythrin from Gracilaria chilensis: a case of perfect hemihedral twinning. 著者: Contreras-Martel, C. / Martinez-Oyanedel, J. / Bunster, M. / Legrand, P. / Piras, C. / Vernede, X. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1eyx.cif.gz | 155.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1eyx.ent.gz | 123.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1eyx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/1eyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/1eyx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1liaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 AKBL
#1: タンパク質 | 分子量: 17770.857 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gracilaria chilensis (真核生物) / Organelle: CHLOROPLAST葉緑体 / 参照: UniProt: Q7SIG0 #2: タンパク質 | 分子量: 18634.182 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gracilaria chilensis (真核生物) / Organelle: CHLOROPLAST葉緑体 / 参照: UniProt: Q7SIF9 |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 GH
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 606.694 Da / 分子数: 2 / 断片: GAMMA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gracilaria chilensis (真核生物) / Organelle: CHLOROPLAST葉緑体 |
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-非ポリマー , 5種, 122分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-BLA / | #6: 化合物 | ChemComp-CYC / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.7 % 解説: A PERFECT HEMIHEDRAL TWINNED CRYSTAL. STANLEY DISTRIBUTION, 1.44. TWIN FRACTION, 0.48. | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 200 MM HEPES, 500 MM SODIUM CHLORIDE, 50 MM POTASIUM CHLORIDE, 15 MM SODIUM AZIDE, 16% AMMONIUM SULPHATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 294 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9783 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9783 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.16→42.55 Å / Num. obs: 38751 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.16→2.28 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.039 / % possible all: 89.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 123143 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1LIA 解像度: 2.25→999 Å / Num. parameters: 2290 / Num. restraintsaints: 3005 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5654 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→999 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |