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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1exc | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF B. SUBTILIS MAF PROTEIN COMPLEXED WITH D-(UTP) | ||||||
要素 | PROTEIN MAF | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / B.subtilis Maf protein complexed with dUTP / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dTTP diphosphatase activity / UTP diphosphatase activity / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Teplova, M. / Stewart, G.C. / Koonin, E.V. / Anderson, W.F. / Egli, M. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Functional implications from crystal structures of the conserved Bacillus subtilis protein Maf with and without dUTP. 著者: Minasov, G. / Teplova, M. / Stewart, G.C. / Koonin, E.V. / Anderson, W.F. / Egli, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1exc.cif.gz | 85.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1exc.ent.gz | 70 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1exc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/1exc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/1exc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed from chains A and B. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21323.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02169 #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 化合物 | ChemComp-DUT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.35 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 8% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / タイプ: APS / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 12658 / Num. obs: 12658 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Num. unique all: 1261 / % possible all: 92 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→17 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood target using amplitudes
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→17 Å
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拘束条件 |
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