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万見
- PDB-1erf: CONFORMATIONAL MAPPING OF THE N-TERMINAL FUSION PEPTIDE OF HIV-1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1erf
タイトルCONFORMATIONAL MAPPING OF THE N-TERMINAL FUSION PEPTIDE OF HIV-1 GP41 USING 13C-ENHANCED FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY (FTIR)
要素TRANSMEMBRANE GLYCOPROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / human immunodeficiency virus (HIV-1) / viral fusion peptide / gp41
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
手法赤外分光 / molecular dynamics, simulated annealing
データ登録者Gordon, L.M. / Mobley, P.W. / Pilpa, R. / Sherman, M.A. / Waring, A.J.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2002
タイトル: Conformational mapping of the N-terminal peptide of HIV-1 gp41 in membrane environments using (13)C-enhanced Fourier transform infrared spectroscopy.
著者: Gordon, L.M. / Mobley, P.W. / Pilpa, R. / Sherman, M.A. / Waring, A.J.
履歴
登録2000年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSMEMBRANE GLYCOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1231
ポリマ－2,1231
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 31structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #9closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TRANSMEMBRANE GLYCOPROTEIN / GP41


分子量: 2123.481 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL FUSION PEPTIDE (RESIDUES 519-541) / 変異: C-TERMINUS HAS BEEN AMIDATED / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of this peptide occurs naturally in human immunodeficiency virus glycoprotein 41.
参照: UniProt: P03377

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実験情報

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実験

実験手法: 赤外分光
NMR実験タイプ: 13-C isotope enhanced FTIR
NMR実験の詳細Text: The coordinates in this entry were generated from 13-C induced spectral shifts which give residue-specific secondary structure information.

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試料調製

結晶解説: This structure was determined by means of 13C-enhanced Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR). Data set consists of 17 conformers derived from simulated annealing with constraints from FTIR.
詳細内容: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING 13-C ISOTOPE ENHANCED FTIR SPECTROSCOPY ON A FAMILY OF SELECTIVELY LABELED CHEMICALLY SYNTHESIZED PEPTIDES. 13-C CARBONYL LABELS INCLUDED RESIDUES ...内容: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING 13-C ISOTOPE ENHANCED FTIR SPECTROSCOPY ON A FAMILY OF SELECTIVELY LABELED CHEMICALLY SYNTHESIZED PEPTIDES. 13-C CARBONYL LABELS INCLUDED RESIDUES 519,521,523,524,525,526,527,528,529,530,531,532,533,534,538,539.
溶媒系: 70% hexafluoroisopropanol (HFIP), 29.9% water, 0.1% formic acid (v/v)
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298
結晶化
*PLUS
手法: 赤外分光

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データ収集

NMRスペクトロメータータイプ: Mattson FTIR Research Series / 製造業者: Mattson FTIR / モデル: Research Series / 磁場強度: 0 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
WinfirstFTIR curve fitting softwareKauppine et al.データ解析
DISCOVER2.9.7Molecular Simulations, Inc. (San Diego, CA)精密化
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Molecular dynamics (simulated annealing) was used to generate an ensemble of conformers consistent with the FTIR data.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 31 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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