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- PDB-3ni3: 54-Membered ring macrocyclic beta-sheet peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ni3
タイトル54-Membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
要素54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
キーワードUNKNOWN FUNCTION / artificial beta sheet dimer
機能・相同性2-プロパノール
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Eisenberg, D. / Nowick, J.S. / Korman, T.P. / Khakshoor, O.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: X-ray crystallographic structure of an artificial beta-sheet dimer.
著者: Khakshoor, O. / Lin, A.J. / Korman, T.P. / Sawaya, M.R. / Tsai, S.C. / Eisenberg, D. / Nowick, J.S.
履歴
登録2010年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
B: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
C: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
D: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
E: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
F: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
G: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
H: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
I: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
J: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
K: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
L: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,37818
ポリマ－22,01712
非ポリマー3616
水4,756264
1
A: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
B: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7904
ポリマ－3,6702
非ポリマー1202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
D: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6702
ポリマ－3,6702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
F: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7303
ポリマ－3,6702
非ポリマー601
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
H: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7904
ポリマ－3,6702
非ポリマー1202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
J: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6702
ポリマ－3,6702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
L: 54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7303
ポリマ－3,6702
非ポリマー601
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.045, 64.194, 64.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a dimer. There are six biological units in the asymmetric unit (chains A&B, C&D, E&F, G&H, I&J, K&L)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
54-membered ring macrocyclic beta-sheet peptide


分子量: 1834.755 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細EACH CHAIN REPRESENTS ONE CYCLIC MOLECULE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Magnesium Chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 30% isopropanol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97853, 0.9200, 0.9205, 0.8670
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978531
20.921
30.92051
40.8671
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.883
11-L, -H, K20.117
反射解像度: 1.34→50 Å / Num. obs: 56158 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.057 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.35-1.375.90.45323550.82999.9
1.37-1.396.40.40323030.865100
1.39-1.416.70.38223260.853100
1.41-1.4370.37723560.884100
1.43-1.4570.36923050.93100
1.45-1.487.10.27123381.04599.9
1.48-1.517.10.2323191.095100
1.51-1.547.10.19123511.101100
1.54-1.577.10.18123791.13899.9
1.57-1.67.10.14922941.203100
1.6-1.647.20.14123351.189100
1.64-1.687.20.12923561.175100
1.68-1.727.20.11423021.12199.9
1.72-1.777.20.10623781.115100
1.77-1.837.20.09123441.10899.9
1.83-1.96.90.08922001.09793.3
1.9-1.976.10.09917831.25675.6
1.97-2.067.10.0823631.08999.9
2.06-2.177.10.08623521.122100
2.17-2.315.70.09713991.32858.7
2.31-2.496.90.07223631.11799.9
2.49-2.746.90.06723850.949100
2.74-3.136.70.06224270.87599.9
3.13-3.956.30.06214750.97160.2
3.95-506.40.05423701.04792.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.34→45.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / WRfactor Rfree: 0.1603 / WRfactor Rwork: 0.1491 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9035 / SU B: 1.169 / SU ML: 0.021 / SU R Cruickshank DPI: 0.0099 / SU Rfree: 0.0086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.009 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1568 2804 5 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.1504 56095 94.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.09 Å2 / Biso mean: 17.2368 Å2 / Biso min: 8.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2---3.14 Å20 Å2
3---3.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→45.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1512 0 24 264 1800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0211612
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.021010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7092.3512104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg7.66132326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.489588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.942050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg6.1261586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4761.5486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4291.5194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4872732
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9131126
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8834.51370
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.46932622
LS精密化 シェル解像度: 1.345→1.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 178 -
Rwork0.219 3673 -
all-3851 -
obs--88.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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