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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ekq | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE IN R3 SPACE GROUP | ||||||
要素 | HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Alpha-beta | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxyethylthiazole kinase / hydroxyethylthiazole kinase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Campobasso, N. / Mathews, I.I. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of 4-methyl-5-beta-hydroxyethylthiazole kinase from Bacillus subtilis at 1.5 A resolution. 著者: Campobasso, N. / Mathews, I.I. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ekq.cif.gz | 103.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ekq.ent.gz | 84.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ekq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/1ekq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/1ekq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Biological assembly is a trimer. The crystallographic three-fold generates two trimers from chain A and chain B, respectively. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28272.166 Da / 分子数: 2 / 変異: C198(CSD) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39593, hydroxyethylthiazole kinase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM Tris, 100mM ammonium sulfate, 30% PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 49 % | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.914 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 1996年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.914 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 83000 / Num. obs: 73978 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.57 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / % possible all: 55 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 264643 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 55 % / Mean I/σ(I) obs: 4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.5→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 1.57 Å / Rfactor Rfree: 0.306 / Rfactor Rwork: 0.291 |