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- PDB-3dzv: Crystal structure of 4-methyl-5-(beta-hydroxyethyl)thiazole kinas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dzv
タイトルCrystal structure of 4-methyl-5-(beta-hydroxyethyl)thiazole kinase (NP_816404.1) from ENTEROCOCCUS FAECALIS V583 at 2.57 A resolution
要素4-methyl-5-(beta-hydroxyethyl)thiazole kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / NP_816404.1 / 4-methyl-5-(beta-hydroxyethyl)thiazole kinase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / ATP-binding / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding / Thiamine biosynthesis / Hydroxyethylthiazole kinase family
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxyethylthiazole kinase / hydroxyethylthiazole kinase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxyethylthiazole kinase / Hydroxyethylthiazole kinase family / リボキナーゼ / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Hydroxyethylthiazole kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of 4-methyl-5-(beta-hydroxyethyl)thiazole kinase (NP_816404.1) from ENTEROCOCCUS FAECALIS V583 at 2.57 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-methyl-5-(beta-hydroxyethyl)thiazole kinase
B: 4-methyl-5-(beta-hydroxyethyl)thiazole kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4978
ポリマ－60,2582
非ポリマー1,2396
水2,234124
1
A: 4-methyl-5-(beta-hydroxyethyl)thiazole kinase
ヘテロ分子

A: 4-methyl-5-(beta-hydroxyethyl)thiazole kinase
ヘテロ分子

A: 4-methyl-5-(beta-hydroxyethyl)thiazole kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,24612
ポリマ－90,3883
非ポリマー1,8589
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area9960 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area28170 Å2
手法PISA
2
B: 4-methyl-5-(beta-hydroxyethyl)thiazole kinase
ヘテロ分子

B: 4-methyl-5-(beta-hydroxyethyl)thiazole kinase
ヘテロ分子

B: 4-methyl-5-(beta-hydroxyethyl)thiazole kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,24612
ポリマ－90,3883
非ポリマー1,8589
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area10080 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area27690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.705, 181.705, 181.705
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-273-

SO4

21A-273-

SO4

31B-273-

SO4

41B-273-

SO4

51A-501-

HOH

61A-569-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11MSEVAL4AA1 - 52 - 6
21MSEVAL4BB1 - 52 - 6
32LYSLEU2AA6 - 2727 - 273
42LYSLEU2BB6 - 2727 - 273

-
要素

#1: タンパク質 4-methyl-5-(beta-hydroxyethyl)thiazole kinase


分子量: 30129.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: NP_816404.1, EF_2777 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q830K4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M citric acid pH 5.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162,0.97954,0.97968
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月26日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.979541
30.979681
反射解像度: 2.57→29.476 Å / Num. obs: 31815 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 50.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rsym value: 0.168 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.57-2.645.60.9761.61311023350.976100
2.64-2.715.60.8681.81281622780.868100
2.71-2.795.60.7382.11248122170.738100
2.79-2.875.60.6052.61204621420.605100
2.87-2.975.60.542.91177420870.54100
2.97-3.075.60.4153.91135020170.415100
3.07-3.195.60.3364.91095119490.336100
3.19-3.325.60.2496.81057718760.249100
3.32-3.475.60.2058.71023418230.205100
3.47-3.635.60.15611.2963917220.156100
3.63-3.835.60.14813.1917916410.148100
3.83-4.065.60.12915.5857915420.129100
4.06-4.345.60.10718.3821414660.107100
4.34-4.695.60.08722.2757813640.087100
4.69-5.145.60.07922.7714112850.079100
5.14-5.755.60.09318.9629411320.093100
5.75-6.645.50.09319.5565910220.093100
6.64-8.135.50.06825.547548700.068100
8.13-11.495.40.04632.636676790.046100
11.49-29.485.10.0530.918723680.0594.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.57→29.476 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.667 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.2
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ADP IS MODELED BASED ON DENSITY, THE CRYSTAL WAS OBTAINED IN PRESENCE OF 1 mM ATP. SO4 MODELED ARE PRESENT IN CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 1604 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.177 31794 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.195 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→29.476 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4029 0 74 124 4227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224161
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4871.995668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93136574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0615530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.14626.158177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.55315702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7291515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02746
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2931
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.22673
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.22069
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.22146
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.63332839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.24831070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.58254261
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.26181624
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.324111405
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1537TIGHT POSITIONAL0.050.07
1760MEDIUM POSITIONAL0.180.2
1537TIGHT THERMAL0.110.5
1760MEDIUM THERMAL0.351
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.637 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 122 -
Rwork0.297 2196 -
all-2318 -
obs--99.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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