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- PDB-1ek9: 2.1A X-RAY STRUCTURE OF TOLC: AN INTEGRAL OUTER MEMBRANE PROTEIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ek9
タイトル2.1A X-RAY STRUCTURE OF TOLC: AN INTEGRAL OUTER MEMBRANE PROTEIN AND EFFLUX PUMP COMPONENT FROM ESCHERICHIA COLI
要素OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Integral membrane protein / Alpha helical Barrel / Beta Barrel (Βバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / porin activity / efflux transmembrane transporter activity ...MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / porin activity / efflux transmembrane transporter activity / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / monoatomic ion channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type I secretion outer membrane protein, TolC / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein TolC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Koronakis, V. / Sharff, A.J. / Koronakis, E. / Luisi, B. / Hughes, C.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the bacterial membrane protein TolC central to multidrug efflux and protein export.
著者: Koronakis, V. / Sharff, A. / Koronakis, E. / Luisi, B. / Hughes, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Oxidation of Selenomethionine: Some MADness in the Method!
著者: Sharff, A.J. / Koronakis, E. / Luisi, B. / Koronakis, V.
履歴
登録2000年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC
B: OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC
C: OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,7153
ポリマ－141,7153
非ポリマー00
水27,1671508
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14610 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area57500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)265.049, 265.049, 95.959
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細The biological assembly is a homo-trimer constructed from chains A, B and C

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要素

#1: タンパク質 OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC


分子量: 47238.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PACYC184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02930
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 2000 MME, PEG 400, Sodium Chloride, Magnesium Chloride, dodecyl glucopyrsanoside, hexyl glucopyranoside, heptyl gluocopyranoside, octyl glucopyranoside, 1,2,3-heptanetriol, Tris, pH 7.4, ...詳細: PEG 2000 MME, PEG 400, Sodium Chloride, Magnesium Chloride, dodecyl glucopyrsanoside, hexyl glucopyranoside, heptyl gluocopyranoside, octyl glucopyranoside, 1,2,3-heptanetriol, Tris, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.6 %detergent mixture1drop
21.5 %1,2,3-heptanetriol1drop
37 %mPEG20001drop
410 %PEG4001drop
510 mM1dropNaCl
620 mMTris-HCl1drop
710-15 mg/mlprotein1drop
812.5 %mPEG20001reservoir
9400 mM1reservoirNaCl
1020 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→129 Å / Num. all: 146143 / Num. obs: 1388136 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 36.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Num. unique all: 15808 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
Num. obs: 146143 / Num. measured all: 1388136
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
BUSTER-TNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The coordinates deposited are of the selenomethione substituted protein. Methionine residues at positions 4, 78, 279, 297 and 358 have been replaced with selenomethionine.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.257 5841 Random - by resolution shell
Rwork0.208 --
all0.208 146020 -
obs0.208 146020 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9918 0 0 1508 11426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'BUSTER/TNT' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 49.88 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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