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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ecz | ||||||
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タイトル | PROTEASE INHIBITOR ECOTIN | ||||||
要素 | ECOTIN | ||||||
キーワード | PROTEASE INHIBITOR (プロテアーゼ阻害剤) / BETA-SHEET STRUCTURE / SERINE PROTEASE INHIBITOR (セルピン) / PERIPLASMIC (ペリプラズム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 serine-type endopeptidase inhibitor activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å | ||||||
データ登録者 | Shin, D.H. / Suh, S.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996 タイトル: Crystal structure analyses of uncomplexed ecotin in two crystal forms: implications for its function and stability. 著者: Shin, D.H. / Song, H.K. / Seong, I.S. / Lee, C.S. / Chung, C.H. / Suh, S.W. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of the Protease Inhibitor Ecotin 著者: Shin, D.H. / Hwang, K.Y. / Kim, K.K. / Lee, H.R. / Lee, C.S. / Chung, C.H. / Suh, S.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ecz.cif.gz | 80.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ecz.ent.gz | 62.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ecz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/1ecz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/1ecz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.986319, -0.012247, 0.16439), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16120.507 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ESCHERICHIA COLI PROTEASE INHIBITOR / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PBS / 遺伝子 (発現宿主): ETI GENE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23827 #2: 糖 | ChemComp-BOG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 24.5-25.5 K / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1992年5月14日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.68→30.7 Å / Num. obs: 7810 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | 解像度: 2.68→2.8 Å / % possible all: 25.2 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 25.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: ECOTIN PART OF ECOTIN-TRYPSIN COMPLEX 解像度: 2.68→6 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.68→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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