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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e8o | ||||||
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タイトル | Core of the Alu domain of the mammalian SRP | ||||||
要素 |
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キーワード | ALU RIBONUCLEOPROTEIN PARTICLE / PROTEIN RECOGNITION OF AN RNA U-TURN / TRANSLATIONAL CONTROL / ALU RNP ASSEMBLY AND TRANSPORT / ALU RETROPOSITION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 signal recognition particle receptor complex / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of translational elongation / protein targeting to ER / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane ...signal recognition particle receptor complex / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of translational elongation / protein targeting to ER / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / RNA binding / extracellular region / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Weichenrieder, O. / Wild, K. / Strub, K. / Cusack, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2000 タイトル: Structure and Assembly of the Alu Domain of the Mammalian Signal Recognition Particle 著者: Weichenrieder, O. / Wild, K. / Strub, K. / Cusack, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e8o.cif.gz | 104.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e8o.ent.gz | 77.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e8o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/1e8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/1e8o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | THE BIOLOGICALLY RELEVANT TERNARY COMPLEX CONSISTS OF CHAINSC,D AND E. THE SRP9/14 HETERODIMER FORMED BY CHAINS A AND BIS BOUND NON -SPECIFICALLY. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9996.567 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM, NUCLEUS?細胞質 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P49458 #2: タンパク質 | 分子量: 12114.235 Da / 分子数: 2 / Fragment: TRUNCATED AFTER K107 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM, NUCLEUS?細胞質 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P37108 #3: RNA鎖 | | 分子量: 16277.622 Da / 分子数: 1 / Fragment: ALU RNA 5' DOMAIN / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成 詳細: THE RNA WAS PRODUCED BY IN VITRO TRANSCRIPTION WITH T7 RNA POLYMERASE USING RIBOZYME TECHNOLOGY. 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: EMBL: X01037 #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | SIGNAL-RECOGNITION-PARTICLE ASSEMBLY HAS A CRUCIAL ROLE IN TARGETING SECRETORY PROTEINS TO THE ...SIGNAL-RECOGNITIO | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 詳細: 50MM NAOAC, 10MM MGCL2, 140MM NACL, 390MM (NH4)2SO4, 21% PEG2000, pH 5.00 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 12 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.784 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.784 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 16328 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 67.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.22→3.35 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.468 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1914, MODIFIED 解像度: 3.2→47.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 2572751.27 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45 Å2 / ksol: 0.266247 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→47.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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