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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1.0E+83 | |||||||||
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タイトル | Cytochrome c' from Alcaligenes xylosoxidans - oxidized structure | |||||||||
要素 | CYTOCHROME C' | |||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / HEME (ヘム) / 4-HELIX BUNDLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | ALCALIGENES XYLOSOXIDANS (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | |||||||||
データ登録者 | Lawson, D.M. / Stevenson, C.E.M. / Andrew, C.R. / Eady, R.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2000 タイトル: Unprecedented Proximal Binding of Nitric Oxide to Heme: Implications for Guanylate Cyclase 著者: Lawson, D.M. / Stevenson, C.E.M. / Andrew, C.R. / Eady, R.R. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: Three-Dimensional Structure of Cytochrome C' from Two Alcaligenes Species and the Implications for Four-Helix Bundle Structures. 著者: Dobbs, A.J. / Anderson, B.F. / Faber, H.R. / Baker, E.N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e83.cif.gz | 44.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e83.ent.gz | 29.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e83.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/1e83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/1e83 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13631.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FORMERLY KNOWN AS ALCALIGENES SP. / 由来: (天然) ALCALIGENES XYLOSOXIDANS (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASMペリプラズム / 株: NCIB 11015 / 参照: UniProt: P00138 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEC / | ||
#3: 水 | ChemComp-HOH / | ||
構成要素の詳細 | CYTOCHROME配列の詳細 | N-TERMINAL RESIDUE IS PYRROLIDON | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. PROTEIN AT CONCENTRATION 8 MG/ML WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION CONSISTING OF 55-65% SATURATED AMMONIUM SULFATE IN 100 MM HEPES BUFFER AT PH 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GE(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→40 Å / Num. obs: 10205 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 18.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 98.9 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CGO 解像度: 2.05→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.18 詳細: FE ATOM OF HEME REFINED WITH ANISOTROPIC THERMAL PARAMETERS
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→40 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |