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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e4m | |||||||||
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タイトル | MYROSINASE FROM SINAPIS ALBA | |||||||||
要素 | MYROSINASE MA1 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / FAMILY 1 GLYCOSYL HYDROLASE / GLUCOSINOLATE (グルコシノレート) / TIM BARREL (TIMバレル) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thioglucosidase / thioglucosidase activity / glucosinolate glucohydrolase activity / glucosinolate catabolic process / 液胞 / beta-glucosidase activity / response to salt stress / carbohydrate metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | SINAPIS ALBA (シロガラシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Burmeister, W.P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: High Resolution X-Ray Crystallography Shows that Ascorbate is a Cofactor for Myrosinase and Substitutes for the Function of the Catalytic Base 著者: Burmeister, W.P. / Cottaz, S. / Rollin, P. / Vasella, A. / Henrissat, B. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: The Crystal Structures of Sinapis Alba Myrosinase and a Covalent Glycosyl-Enzyme Intermediate Provide Insights Into the Substrate Recognition and Active-Site Machinery of an S-Glycosidase 著者: Burmeister, W.P. / Cottaz, S. / Driguez, H. / Iori, R. / Palmieri, S. / Henrissat, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e4m.cif.gz | 263.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e4m.ent.gz | 213.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e4m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/1e4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/1e4m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 M
#1: タンパク質 | 分子量: 57078.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SINAPIS ALBA (シロガラシ) / 細胞内の位置: MYROSIN GRAINS / 器官: SEED種子 / 株: EMERGO / 参照: UniProt: P29736, thioglucosidase |
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-糖 , 4種, 9分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | beta-D-xylopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)- ...beta-D-xylopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 多糖 | beta-D-xylopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...beta-D-xylopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 4種, 811分子
#6: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#7: 化合物 | ChemComp-SO4 / #8: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | REFERENCE: THE SEQUENCE HAS BEEN DETERMINED FROM THE X-RAY DATA. THE 2 N-TERMINAL RESIDUES HAVE ...REFERENCE: THE SEQUENCE HAS BEEN DETERMINED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: HANGING DROP METHOD, 12 MG/ML PROTEIN IN 30 MM HEPES, PH 6.5, 0.05 % NAN3, PRECIPITANT 66% SAT. AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL PH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Burmeister, W.P., (1997) Structure (London), 5, 663. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.945 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1997年11月15日 / 詳細: BENT MULTILAYER, SAGITALLY FOCUSING CRYSTAL |
放射 | モノクロメーター: C(111), DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→9.99 Å / Num. obs: 223802 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 8.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 99.6 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.2 Å / % possible obs: 99.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1MYR 解像度: 1.2→10 Å / SU B: 0.33 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.028 詳細: ANISOTROPIC INDIVIDUAL B-FACTOR REFINEMENT, THE C-TERMINAL PRO IS THE LAST VISIBLE RESIDUE THIS IS THE LAST RESIDUE IN THE MAP, BUT THE PROTEIN SEQUENCE MAY EXTEND FURTHER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 1.26 Å / Rfactor Rfree: 0.207 / Rfactor obs: 0.195 |