[日本語] English
万見
- PDB-1dze: Structure of the M Intermediate of Bacteriorhodopsin trapped at 100K -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dze
タイトルStructure of the M Intermediate of Bacteriorhodopsin trapped at 100K
要素BACTERIORHODOPSIN (M INTERMEDIATE)
キーワードBACTERIORHODOPSIN (バクテリオロドプシン) / PROTON PUMP (プロトンポンプ) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / RETINAL PROTEIN (レチナール) / PHOTORECEPTOR / REACTION INTERMEDIATE (反応中間体) / HALOBACTERIA / ION PUMP / HELIX (螺旋) / SLIDING
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHORYL-[1,2-DI-PHYTANYL]GLYCEROL / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / Chem-L3P / Chem-L4P / レチナール / バクテリオロドプシン
類似検索 - 構成要素
生物種HALOBACTERIUM SALINARIUM (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Takeda, K. / Matsui, Y. / Sato, H. / Hino, T. / Kanamori, E. / Okumura, H. / Yamane, T. / Iizuka, T. / Kamiya, N. / Adachi, S. / Kouyama, T.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the M Intermediate of Bacteriorhodopsin: Allosteric Structural Changes Mediated by Sliding Movement of a Transmembrane Helix
著者: Takeda, K. / Matsui, Y. / Kamiya, N. / Adachi, S. / Okumura, H. / Kouyama, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Specific Lipid-Protein Interactions in a Novel Honeycomb Lattice Structure of Bacteriorhodopsin
著者: Sato, H. / Takeda, K. / Tani, K. / Hino, T. / Okada, T. / Nakasako, M. / Kamiya, N. / Kouyama, T.
履歴
登録2000年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BACTERIORHODOPSIN (M INTERMEDIATE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3358
ポリマ－26,8141
非ポリマー4,5217
水32418
1
A: BACTERIORHODOPSIN (M INTERMEDIATE)
ヘテロ分子

A: BACTERIORHODOPSIN (M INTERMEDIATE)
ヘテロ分子

A: BACTERIORHODOPSIN (M INTERMEDIATE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,00524
ポリマ－80,4433
非ポリマー13,56221
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
Buried area10290 Å2
ΔGint-79.2 kcal/mol
Surface area31220 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.400, 102.400, 112.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 BACTERIORHODOPSIN (M INTERMEDIATE)


分子量: 26814.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HALOBACTERIUM SALINARIUM / 由来: (天然) HALOBACTERIUM SALINARIUM (好塩性) / 細胞内の位置: CELL MEMBRANE細胞膜 / 株: JW3 / 参照: UniProt: P02945
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-6DManpa1-2DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3/a2-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 24分子

#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#4: 化合物 ChemComp-L1P / 3-PHOSPHORYL-[1,2-DI-PHYTANYL]GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / りん酸(2S)-2,3-ビス[[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]オキシ]プロピル


分子量: 733.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H89O6P
#5: 化合物 ChemComp-L2P / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCEROL / 1-O,2-O-ビス[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]-D-グリセロ-ル


分子量: 653.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H88O3
#6: 化合物 ChemComp-L3P / 2,3-DI-O-PHYTANLY-3-SN-GLYCERO-1-PHOSPHORYL-3'-SN-GLYCEROL-1'-PHOSPHATE


分子量: 885.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H94O11P2
#7: 化合物 ChemComp-L4P / 3-[GLYCEROLYLPHOSPHONYL]-[1,2-DI-PHYTANYL]GLYCEROL / 2,3-DI-O-PHYTANLY-3-SN-GLYCERO-1-PHOSPHORYL-3'-SN-GLYCEROL


分子量: 807.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H95O8P
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.19 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE OSCILLATION METHOD
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2
詳細: THE CRYSTALLIZATION CONSISTS OF TWO STEPS. FIRST, A MIXTURE OF 5 MG/ML PURPLE MEMBRANE, 0.25% OTG, 1 M AMMONIUM SULFATE, 0.16 M NACL, 0.04 M SODIUM CITRATE (PH5.2) , 0.04% NAN3 WAS INCUBATED ...詳細: THE CRYSTALLIZATION CONSISTS OF TWO STEPS. FIRST, A MIXTURE OF 5 MG/ML PURPLE MEMBRANE, 0.25% OTG, 1 M AMMONIUM SULFATE, 0.16 M NACL, 0.04 M SODIUM CITRATE (PH5.2) , 0.04% NAN3 WAS INCUBATED AND 15% TREHALOSE AT 305K FOR 5 DAYS. THIS RESULTED IN THE FORMATION OF SPHERICAL VESICLES WITH A DIAMETER OF 50 NM. AFTER SEDIMENTAL MATERIALS WERE REMOVED BY CENTRIFUGATION (4000G X 10 MIN), A SUSPENSION OF THE SPHERICAL VESICLES WAS COOLED TO 278K AND CONCENTRATED BY VAPOR DIFFUSION AGAINST A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 2.0 M AMMONIUM SULFATE 0.08M SODIUM CITRATE (PH 5.2) AND 30% TREHALOSE. INCUBATION FOR A COUPLE OF MONTHS YIELDED HEXAGONAL CRYSTALS.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.7
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 11480 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.4 % / Rsym value: 0.069
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rsym value: 0.304 / % possible all: 55.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QM8

1qm8


解像度: 2.5→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE C-TERMINAL RESIDUES WERE NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 561 5 %RANDOM
Rwork0.257 ---
obs0.257 11017 90.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.7 Å2-9.8 Å20 Å2
2---19.7 Å20 Å2
3---13.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1739 0 247 18 2004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.22
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d20.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 41 5 %
Rwork0.371 756 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2RET_CIS.PARRET_CIS.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DPG.PARDPG.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GLC.PARGLC.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る