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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dy9 | ||||||
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タイトル | Inhibition of the Hepatitis C Virus NS3/4A Protease. The Crystal Structures of Two Protease-Inhibitor Complexes (inhibitor I) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / NS3 / NS4A / HEPATITIS C VIRUS (C型肝炎ウイルス) / PROTEASE INHIBITION / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA stabilization / RNA folding chaperone / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint ...RNA stabilization / RNA folding chaperone / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / : / デオキシリボ核酸 / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / ヘリカーゼ / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HEPATITIS C VIRUS (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Di Marco, S. / Rizzi, M. / Volpari, C. / Walsh, M. / Narjes, F. / Colarusso, S. / De Francesco, R. / Matassa, V.G. / Sollazzo, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Inhibition of the Hepatitis C Virus Ns3/4A Protease the Crystal Structures of Two Protease-Inhibitor Complexes 著者: Di Marco, S. / Rizzi, M. / Volpari, C. / Walsh, M. / Narjes, F. / Colarusso, S. / De Francesco, R. / Matassa, V.G. / Sollazzo, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS AC AND BC IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS AC AND BC IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dy9.cif.gz | 91 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dy9.ent.gz | 67.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dy9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/1dy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/1dy9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.3724, 0.92807, -0.0026), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19749.553 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEASE / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HEPATITIS C VIRUS (ISOLATE TAIWAN) (C型肝炎ウイルス) 株: ISOLATE TAIWAN / 解説: CDNA OF HEPATITIS C VIRUS / 遺伝子: HCV / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q81755, UniProt: P26662*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1686.097 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 956-967 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HEPATITIS C VIRUS (ウイルス) / 参照: UniProt: Q81755, UniProt: P26662*PLUS #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ZN / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | GENOME POLYPROTEIN, ID POLG_HCVJA_7, PROTEASE NS3 GENOME POLYPROTEIN, ID POLG_HCVJA_8, ...GENOME POLYPROTEI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.1 詳細: THE NS3 PROTEIN (1MG/ML) WAS INCUBATE AT 4C WITH THE NS4A COFACTOR PEPTIDE, CONTAINING A SOLUBIZING LYSINE TAG AT ITS N- AND C-TERMINI(KGSVVIVGRIILSGRK), AT A MOLAR RATIO OF 1:2 AND ...詳細: THE NS3 PROTEIN (1MG/ML) WAS INCUBATE AT 4C WITH THE NS4A COFACTOR PEPTIDE, CONTAINING A SOLUBIZING LYSINE TAG AT ITS N- AND C-TERMINI(KGSVVIVGRIILSGRK), AT A MOLAR RATIO OF 1:2 AND CONCENTRATED TO 290 MICROMOLAR. NS3J/4A CRYSTALS, WITH A MAXIMUM SIZE OF 0.6 X 0.3 X 0.2 MM**3, WERE OBTAINED BY BOTH HANGING- AND SITTING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHODS AFTER TWO WEEKS AT ROOM TEMPERATURE, WITH 3.4 M NACL, 10MM DTT, 0.1 M CITRATE BUFFER PH 5.1. THE TERNARY COMPLEX WITH INHIBITOR WAS PREPARED BY ADDING 5.0 MM OF INIBITOR TO CRYSTALS THAT WERE STABILISED IN 4.5 M NACL, 10 MM DTT, 0.1 M CITRATE BUFFER, PH 5.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.936 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.936 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 23960 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 32 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 98.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 66924 / Rmerge(I) obs: 0.035 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DY7 解像度: 2.1→20 Å / SU B: 3.62 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.21
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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