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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dpk | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF THE CYTOPLASMIC DOMAIN OF THE INTEGRIN ALPHA-IIB SUBUNIT | ||||||
要素 | INTEGRIN ALPHA-IIB SUBUNIT | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / HELIX-TURN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 platelet alpha granule membrane / fibrinogen binding / extracellular matrix binding / integrin complex / positive regulation of leukocyte migration / cell adhesion mediated by integrin / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions ...platelet alpha granule membrane / fibrinogen binding / extracellular matrix binding / integrin complex / positive regulation of leukocyte migration / cell adhesion mediated by integrin / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / Integrin signaling / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / 細胞接着 / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / integrin binding / Platelet degranulation / 血管新生 / blood microparticle / molecular adaptor activity / external side of plasma membrane / focal adhesion / 細胞膜 / extracellular exosome / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
データ登録者 | Vinogradova, O. / Haas, T. / Plow, E.F. / Qin, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: A structural basis for integrin activation by the cytoplasmic tail of the alpha IIb-subunit. 著者: Vinogradova, O. / Haas, T. / Plow, E.F. / Qin, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dpk.cif.gz | 95.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dpk.ent.gz | 66 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dpk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/1dpk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/1dpk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2395.579 Da / 分子数: 1 / 断片: CYTOPLASMIC DOMAIN / 由来タイプ: 合成 詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of residues is naturally found in the platelets of homo sapiens (human). 参照: UniProt: P08514 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: USED DPC (DODECYL-PHOSPHOCHOLINE) MICELLES |
-試料調製
詳細 | 内容: 3MM PEPTIDE |
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試料状態 | イオン強度: 50 mM NACL / pH: 5.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 16 |