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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dof | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF ADENYLOSUCCINATE LYASE FROM PYROBACULUM AEROPHILUM: INSIGHTS INTO THERMAL STABILITY AND HUMAN PATHOLOGY | ||||||
要素 | ADENYLOSUCCINATE LYASEアデニロコハク酸リアーゼ | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / purine biosynthesis (プリン代謝) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アデニロコハク酸リアーゼ / N6-(1,2-dicarboxyethyl)AMP AMP-lyase (fumarate-forming) activity / (S)-2-(5-amino-1-(5-phospho-D-ribosyl)imidazole-4-carboxamido) succinate lyase (fumarate-forming) activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrobaculum aerophilum (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Toth, E.A. / Yeates, T.O. / Goedken, E. / Dixon, J.E. / Marqusee, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: The crystal structure of adenylosuccinate lyase from Pyrobaculum aerophilum reveals an intracellular protein with three disulfide bonds. 著者: Toth, E.A. / Worby, C. / Dixon, J.E. / Goedken, E.R. / Marqusee, S. / Yeates, T.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dof.cif.gz | 311.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dof.ent.gz | 259.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dof.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/1dof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/1dof | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45423.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8ZY28, アデニロコハク酸リアーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 100 mM Citric Acid, 10-20% PEG 4000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 47.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.908 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→48.05 Å / Num. all: 100910 / Num. obs: 100737 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 19.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 24.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / % possible all: 98.8 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→50 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.202 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |