+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dli | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THE FIRST STRUCTURE OF UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE (UDPGDH) REVEALS THE CATALYTIC RESIDUES NECESSARY FOR THE TWO-FOLD OXIDATION | ||||||
要素 | UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ROSSMANN FOLD (ロスマンフォールド) / TERNARY COMPLEX / CRYSTALLOGRAPHIC DIMER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ / UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucuronate biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / NAD binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.31 Å | ||||||
データ登録者 | Campbell, R.E. / Mosimann, S.C. / van de Rijn, I. / Tanner, M.E. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: The first structure of UDP-glucose dehydrogenase reveals the catalytic residues necessary for the two-fold oxidation. 著者: Campbell, R.E. / Mosimann, S.C. / van De Rijn, I. / Tanner, M.E. / Strynadka, N.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dli.cif.gz | 102.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1dli.ent.gz | 78 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dli.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/1dli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/1dli | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 45537.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) プラスミド: PGAC147 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0C0F4, UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ |
---|
-非ポリマー , 5種, 288分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NAD / | #4: 化合物 | ChemComp-UDX / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: AMMONIUM SULPHATE, GLYCEROL, TRIS-HCL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: ambient temperature | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9057 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9057 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.31→24.23 Å / Num. all: 20008 / Num. obs: 20008 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / % possible all: 76.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 24.3 Å / % possible obs: 95.1 % / Num. measured all: 119755 / Rmerge(I) obs: 0.082 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.31→24.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2332306.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.51 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.9 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→24.23 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|