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- PDB-1dgq: NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE INSERTED DOMAIN OF HUMAN LEUKOCYTE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dgq
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF THE INSERTED DOMAIN OF HUMAN LEUKOCYTE FUNCTION ASSOCIATED ANTIGEN-1
要素LEUKOCYTE FUNCTION ASSOCIATED ANTIGEN-1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / ROSSMANN FOLD (ロスマンフォールド)
機能・相同性
機能・相同性情報


memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / ICAM-3 receptor activity / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / integrin complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell adhesion mediated by integrin / leukocyte cell-cell adhesion / receptor clustering ...memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / ICAM-3 receptor activity / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / integrin complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell adhesion mediated by integrin / leukocyte cell-cell adhesion / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / 食作用 / cell adhesion molecule binding / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / 細胞接着 / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / 細胞接着 / 炎症 / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. ...Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS SIMULATED ANNEALING
データ登録者Legge, G.B. / Kriwacki, R.W. / Chung, J. / Hommel, U. / Ramage, P. / Case, D.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: NMR solution structure of the inserted domain of human leukocyte function associated antigen-1.
著者: Legge, G.B. / Kriwacki, R.W. / Chung, J. / Hommel, U. / Ramage, P. / Case, D.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録1999年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUKOCYTE FUNCTION ASSOCIATED ANTIGEN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4261
ポリマ－21,4261
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)22 / 100STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY, STRUCTURES WITH FAVORABLE NON- BOND ENERGY, STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 LEUKOCYTE FUNCTION ASSOCIATED ANTIGEN-1


分子量: 21425.561 Da / 分子数: 1 / 断片: INSERTED DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20701

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-SEPARATED NOESY
2223D 15N-SEPARATED NOESY
2323D 15N HSQC-NOESY-HSQC 140 MS MIXING TIME
NMR実験の詳細Text: NOESY MIXING TIMES OF 60 AND 100 MS FOR THE 3D 1H-15N AND 3D 1H-13C NOESY-HSQC SPECTRA. NOESY MIXING TIME OF 140 MS FOR THE 15N HSQC-NOESY-HSQC SPECTRA.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
11.2 MM NMR SAMPLE OF PURIFIED AND UNIFORMLY 15N/13C ISOTOPICALLY LABELED LFA-1 I-DOMAIN
21.2 MM 15N UNIFORMLY LABELED SAMPLE WAS ALSO PREPARED IN THE FOLLOWING CONDITIONS THAT WERE LESS AFFECTED BY LINE BROADENING
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
17.2 AMBIENT 295 K
27.3 AMBIENT 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX7501
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AMXBrukerAMX5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SANE1DUGGANデータ解析
DYANA1.5GUENTERT構造決定
Amber5.1CASE構造決定
Amber5.1CASE精密化
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: MODEL-BASED APPROACH USED TO ASSIGN NOESY SPECTRA USING EXISTING X-RAY STRUCTURES AS A MODEL. THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 5656 RESTRAINTS, 2289 ARE UNIQUE NOE-DERIVED DISTANCE ...詳細: MODEL-BASED APPROACH USED TO ASSIGN NOESY SPECTRA USING EXISTING X-RAY STRUCTURES AS A MODEL. THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 5656 RESTRAINTS, 2289 ARE UNIQUE NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 3082 AMBIGOUS NOE-DERIVED RESTRAINTS, AND 285 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY, STRUCTURES WITH FAVORABLE NON- BOND ENERGY, STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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