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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zoo | ||||||
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タイトル | CD11A I-DOMAIN WITH BOUND MAGNESIUM ION | ||||||
要素 | LEUKOCYTE ADHESION GLYCOPROTEIN | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / INTEGRIN (インテグリン) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / EXTRACELLULAR MATRIX (細胞外マトリックス) / CYTOSKELETON (細胞骨格) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / ICAM-3 receptor activity / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / receptor clustering ...memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / ICAM-3 receptor activity / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / 食作用 / cell adhesion molecule binding / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / 細胞接着 / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / 細胞接着 / 炎症 / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Leahy, D.J. / Qu, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: The role of the divalent cation in the structure of the I domain from the CD11a/CD18 integrin. 著者: Qu, A. / Leahy, D.J. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995 タイトル: Crystal Structure of the I-Domain from the Cd11A/Cd18 (Lfa-1, Alpha L Beta 2) Integrin 著者: Qu, A. / Leahy, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zoo.cif.gz | 92.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zoo.ent.gz | 74.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zoo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/1zoo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/1zoo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21323.494 Da / 分子数: 2 / 断片: I-DOMAIN FRAGMENT OF LFA-1 / 変異: W189R, MIGHT BE ISOFORM / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: THE PROTEIN WAS REFOLDED FROM 7M UREA / 細胞株: 293 / 遺伝子: PCR PRODUCT / プラスミド: PET11C / 遺伝子 (発現宿主): PCR PRODUCT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P20701 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.2 / 詳細: pH 5.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. obs: 7748 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 19.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: 1ZOP 解像度: 3→8 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |