+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1del | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | DEOXYNUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE COMPLEXED WITH DEOXY-GMP AND AMP | ||||||
![]() | DEOXYNUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Teplyakov, A. / Sebastiao, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of bacteriophage T4 deoxynucleotide kinase with its substrates dGMP and ATP. 著者: Teplyakov, A. / Sebastiao, P. / Obmolova, G. / Perrakis, A. / Brush, G.S. / Bessman, M.J. / Wilson, K.S. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Bacteriophage T4 Deoxynucleotide Kinase 著者: Sebastiao, P. / Obmolova, G. / Brush, G.S. / Bessman, M.J. / Teplyakov, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 86.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.98807, -0.13116, 0.08074), ベクター ![]() |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27359.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: 1 / プラスミド: PBK5 / 遺伝子 (発現宿主): 1 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-AMP / | ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化![]() | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月1日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.2→10 Å / Num. obs: 31836 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 96619 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 0 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 3 / Rfactor all![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 0.027 |